基因组监测揭示呼吸道合胞病毒亚型优势地位的转变及B.D.E.1.7亚支的局部扩展

《Open Forum Infectious Diseases》：Genomic surveillance uncovers a shift in respiratory syncytial virus subtype dominance and the local expansion of subclade B.D.E.1.7

　　

摘要

背景

呼吸道合胞病毒（RSV）是导致五岁以下儿童和六十岁以上老年人住院的主要原因，其致病能力可引发急性呼吸道疾病。近期RSV疫苗和单克隆抗体的获批引发了对预防性逃逸病毒突变的潜在担忧。

方法

我们通过基于扩增子的全基因组测序方法，分析了波士顿医疗中心2024-2025呼吸道季节期间126份RSV阳性鼻咽拭子样本。我们鉴定了核苷酸变异，确定了变异株，并构建了最大似然系统发育树以研究遗传变化和进化情况。

结果

在分析的126个基因组中，94个（74.6%）为RSV-A亚型，表明该地区RSV-A主导地位回归。在RSV-B基因组中，相当一部分属于近期定义的B.D.E.1.7亚变异株（n=12，占RSV-B样本的37.5%），该亚变异株在美国其他州仅偶有出现。未观察到与单克隆抗体或疫苗耐药性相关的突变。

结论

这些发现表明，在波士顿大都市区，RSV亚型的主导地位在各季节之间持续交替。对两种亚型内部变异株的调查显示，没有发现来自上一季节的病毒传播证据。尽管未鉴定到与预防性耐药相关的突变，但RSV监测对于研究进化和传播动态仍然至关重要，特别是在地方层面。