《The International Journal of Biological Markers》：Integrative genetic and transcriptomic analyses prioritize CDC16 as a candidate marker for gastric cancer
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背景：胃癌（gastric cancer, GC）仍是癌症相关死亡的主要原因，早期检测所需生物标志物尚未满足临床需求。方法：研究人员将胃与血液表达数量性状位点（expression quantitative trait locus, eQTL）与两项胃癌全基因
背景：胃癌（gastric cancer, GC）仍是癌症相关死亡的主要原因，早期检测所需生物标志物尚未满足临床需求。方法：研究人员将胃与血液表达数量性状位点（expression quantitative trait locus, eQTL）与两项胃癌全基因组关联研究（genome-wide association study, GWAS）整合，采用孟德尔随机化（Mendelian randomization, MR）、贝叶斯共定位（Bayesian colocalization）及基于汇总数据的MR/依赖工具变量异质性（summary-data-based MR/heterogeneity in dependent instruments, SMR/HEIDI）检验。批量与单细胞转录组学用于刻画候选基因表达及病变相关模式。研究人员通过免疫组化在53对胃癌与非肿瘤组织中评估CDC16蛋白表达，并进行配对与探索性受试者工作特征（receiver operating characteristic, ROC）分析。结果：MR优先出PILRB、CDC16与GABPB1-AS1；SMR/HEIDI提供补充支持，CDC16与GABPB1-AS1共定位证据为提示性且依赖模型。批量组织中CDC16丰度在胃癌中更高，但增殖校正后肿瘤—正常差异减弱（log2FC = ?0.002, FDR = 0.987），显示其与增殖活动紧密耦合。单细胞分析将CDC16定位于上皮群体，CDC16可检出上皮细胞比例随病变类别升高（ρ = 0.735；置换P = 0.031）。CDC16 H-score在胃癌中高于配对非肿瘤组织（161.15 ± 45.11 vs 102.15 ± 54.50；P < 0.001），41/53例癌组织评分更高。探索性AUC为0.794（95% CI, 0.704–0.874；灵敏度66.0%；特异度79.2%）。结论：遗传、转录组与蛋白水平证据共同将CDC16优先确定为胃癌相关候选组织标志物，其表达与增殖活动密切相关，需在独立队列中开展包含适宜疾病对照与血液评估的前瞻验证。
研究背景方面，胃癌仍居全球发病率与死亡率前列，早期检测困难常导致干预延迟和预后变差。现有血液或组织候选标志物多来自观察性研究或动物模型，易受混杂、反向因果、样本量小和实验流程不一致影响，可重复性与共识不足。为降低这些偏倚，研究人员利用大样本人类遗传数据，将胃与血液eQTL同胃癌GWAS整合，借助MR框架评估潜在因果关系，并进一步用共定位、SMR/HEIDI、批量与单细胞转录组及组织蛋白验证，优先识别胃癌相关候选基因并刻画其表达模式。该研究发表于《The International Journal of Biological Markers》，其意义在于从遗传因果推断到组织蛋白证据形成跨平台链条，为胃癌组织标志物的发现提供可复现思路。
主要关键技术方法上，研究人员使用GTEx胃eQTL（n=359）、eQTLGen血液eQTL（n=31,684），胃癌发现GWAS为Sakaue等欧洲人群（1,029例病例、475,087例对照），复制GWAS为FinnGen R10（1,423例病例、314,193例对照）；方法包括两样本MR（逆方差加权为主，辅以MR-Egger、加权中位数及异质性/多效性敏感分析）、贝叶斯共定位（coloc与SuSiE）、SMR/HEIDI、TCGA-STAD与GTEx批量RNA-seq、GSE134520单细胞RNA-seq，以及大连大学附属中山医院53对胃癌与配对非肿瘤组织的CDC16免疫组化H-score评估。
MR分析优先出三个与胃癌风险相关的基因：研究人员用胃与血液eQTL作为工具变量（instrumental variable, IV），在发现与复制GWAS中检验基因表达对胃癌风险的影响，结果遗传代理的PILRB与CDC16表达升高与胃癌风险正相关，GABPB1-AS1呈反向关联，三者复制一致，从而得出跨组织遗传证据支持上述基因为胃癌相关候选基因。
贝叶斯共定位提供共享遗传信号支持：研究人员在胃与血液中对PILRB、CDC16、GABPB1-AS1做共定位，ABF与SuSiE结果均显示CDC16与GABPB1-AS1的PPH4处于提示性水平且随模型变化，PILRB未达PPH4>0.5；结论为共定位证据提示性而非决定性，尚不能证明单一共享因果变异。
SMR提供互补遗传支持：研究人员在胃与血液中对三基因做SMR/HEIDI，PILRB、CDC16、GABPB1-AS1均达PSMR<0.05且PHEIDI>0.05，说明关联可由共享遗传信号解释而非连锁异质性主导，与MR和共定位共同构成收敛遗传证据。
CDC16可检出上皮细胞随病变阶段增加：研究人员对TCGA-GTEx批量数据分析发现胃癌CDC16转录丰度高于正常，但加入增殖评分后差异消失；GSE134520单细胞分析显示CDC16高表达细胞主要在上皮，以上皮细胞原始计数>0定义可检出来看，非萎缩性胃炎（non-atrophic gastritis, NAG）、慢性萎缩性胃炎（chronic atrophic gastritis, CAG）、肠化生（intestinal metaplasia, IMW/IMS）至早期胃癌（early gastric cancer, EGC）中CDC16可检出上皮比例递增（Spearman ρ=0.735，精确置换P=0.031），说明CDC16上皮检出与胃癌发生谱系相关，但主要受增殖状态牵动。
CDC16蛋白表达的免疫组化验证：研究人员在53对组织中用抗CDC16抗体染色并按H-score（强度0—3对应1×P1+2×P2+3×P3）评分，癌组织H-score高于非肿瘤（161.15±45.11对102.15±54.50，P<0.001），41例癌侧更高；探索性ROC的AUC=0.794，Youden阈值151.5下灵敏度66.0%、特异度79.2%，说明CDC16蛋白在癌组织上调且具中等组织区分能力，但同批样本未外部验证，性能可能被高估。
讨论部分总结：研究人员指出CDC16编码后期促进复合体/环体（anaphase-promoting complex/cyclosome, APC/C）核心亚基，参与有丝分裂退出与染色体分离，胃癌中CDC16高表达与增殖活动紧密耦合，但本研究未证明其为驱动因子、介质或单纯增殖标记。跨物种与突变研究仅提供生物学合理性。研究局限包括仅用cis-eQTL、胃eQTL样本小、GWAS以欧洲祖先为主、TCGA-GTEx批量比较受细胞组成与批次影响、单细胞仅13个活检且EGC仅1例、免疫组化为单中心53对回顾性样本、ROC无外部验证、组织表达不能代表早筛或血液用途。
结论部分翻译：通过整合胃与血液eQTL及两项胃癌GWAS，本研究将PILRB、CDC16与GABPB1-AS1优先确定为遗传支持的胃癌相关基因。其中CDC16获得模型依赖性共定位、SMR/HEIDI、批量与单细胞转录组学及配对组织免疫组化的一致支持。批量分析显示胃癌中CDC16转录丰度更高且与增殖活动紧密耦合；单细胞分析将CDC16主要定位于上皮群体，并显示病变类别中CDC16可检出上皮细胞比例上升；配对免疫组化显示胃癌中CDC16蛋白H-score更高。综上，这些发现将CDC16定位为遗传支持的胃癌相关候选组织标志物，可能反映增殖性上皮生物学。这一具有生物学合理性的关系在临床试验应用前，值得在包含适宜疾病对照与血液评估的独立队列中进行功能研究与前瞻验证。
