两种中国本土兔品种（愍新安黑兔和莱芜黑兔）的全基因组遗传特征分析

《BMC Genomics》：Genome-wide genetic characterization of two Chinese indigenous rabbit breeds: Minxinan Black rabbit and Laiwu Black rabbit

　　

摘要

背景

莱芜黑兔（Lwb）和闽西黑兔（Mxnb）是中国本土的兔品种，在免疫力、繁殖能力和肉质等性状上可能具有一定的优势。然而，它们的基因组特征仍不甚了解。

结果

我们对8个品种的49只兔子进行了全基因组重测序（约10倍），并进一步将选择信号分析（F_ST 和 θ_π）与Mxnb和NZW白兔（Nzw）的转录组测序相结合。研究发现，Lwb和Mxnb的连锁不平衡（LD）衰减速度更快，遗传多样性也更高，且其微进化趋势相似。综合基因组和转录组分析显示，Mxnb和Lwb在免疫力、繁殖能力和肉质方面具有遗传优势。在L WB中，鉴定出8个关键基因：BCL2/BIRC2/BIRC3/PIK3CA/PIK3CD/FGF1通过NF-κB和催乳素途径参与免疫/生殖调节；WNT11通过Wnt信号通路参与黑色素生成；ACADM通过脂肪酸代谢影响肉质。在Mxnb中，发现了10个关键基因：NFKB1通过NF-κB途径调节免疫；WNT5A/MITF/WNT6通过黑色素生成调节肉质颜色；DKK1/FZD5/DVL2/HSD17B12/NMU/LAMTOR2通过脂肪酸代谢影响肉质。NMU和〈i>LAMTOR2在Mxnb中的表达水平显著高于Nzw。值得注意的是，4个〈i>NMU启动子SNP（例如，g.93192996）和〈i>LAMTOR2外显子2 SNP（g.36792540）可能是影响肉质的潜在关键调控位点。

结论

本研究首次对Lwb和Mxnb进行了全基因组分析，证明了它们在免疫力、繁殖性能和肉质方面的优势。这些结果为本土兔品种的遗传改良和保护性育种提供了有价值的基础。