尽管 E3 泛素连接酶在细胞调节和疾病中起着核心作用,但使用化学探针靶向它们仍然是一个重大挑战。组成型光形态发生 1(COP1)是一种 E3 连接酶,其复杂且依赖适配体的生物学特性使得选择性靶向变得困难。在这里,我们开发了一个基于肽段的亲和选择质谱(Pep?AS?MS)平台,以发现新的基于肽段的 COP1 结合物。利用与质谱兼容的库设计、荧光引导的选择优化以及由开源软件驱动的目标 - 诱饵数据库策略进行肽段鉴定和定量,我们实现了从高度复杂的组合库中进行命中排序。采用这种方法,我们鉴定并验证了六种先前未报告的 COP1 结合肽,包括结合潜力与天然 TRIB1 基序相当且脂溶性增强的配体。这项工作建立了一个定量且易于使用的 Pep?AS?MS 框架,用于针对具有挑战性的蛋白质 - 蛋白质相互作用靶点的配体发现,并为探究 COP1 生物学提供了新的化学工具。