《Cancer Reports》：Knockdown of RPL28 Inhibits the Progression of Clear Cell Renal Cell Carcinoma
编辑推荐：
背景：透明细胞肾细胞癌（ccRCC）是肾癌中最常见且最具侵袭性的组织学亚型。既往研究已提示核糖体蛋白L28（RPL28）参与多种癌症的进展；然而，其在ccRCC中的作用尚不清楚。
目的：本研究旨在探讨RPL28在ccRCC中的表达、预后意义及潜在生物学作用。
背景：透明细胞肾细胞癌（ccRCC）是肾癌中最常见且最具侵袭性的组织学亚型。既往研究已提示核糖体蛋白L28（RPL28）参与多种癌症的进展；然而，其在ccRCC中的作用尚不清楚。
目的：本研究旨在探讨RPL28在ccRCC中的表达、预后意义及潜在生物学作用。
方法与结果：从UCSC Xena平台获取RPL28表达数据及相应的临床病理信息，并使用TIMER2.0评估泛癌表达模式。RPL28表达在临床ccRCC组织样本中得到进一步验证。进行了预后、免疫浸润和药物敏感性分析，并通过慢病毒介导的ccRCC细胞敲低评估RPL28的生物学效应。RPL28在ccRCC组织中显著上调，并与不利的总生存期（OS）和疾病特异性生存期（DSS）以及不良临床病理特征（包括更高的组织学分级、进展期T分期、远处转移和进展期TNM分期）相关。免疫分析揭示了RPL28表达与ccRCC免疫微环境某些特征之间的关联，而药物基因组学分析提示RPL28表达与所选靶向药物的预测敏感性之间存在潜在关联。在体外，RPL28敲低显著抑制ccRCC细胞的增殖和迁移。基因集富集分析（GSEA）连同实验发现进一步表明，RPL28可能参与ccRCC中上皮间质转化（EMT）相关过程。
结论：RPL28在ccRCC中过表达，并与不良生存结局、恶性细胞表型、EMT相关信号、特定免疫微环境特征及预测的治疗反应表型相关。这些发现提示RPL28可能作为ccRCC的预后生物标志物和潜在治疗靶点，但仍需进一步的机制和临床验证。
论文解读：RPL28在透明细胞肾细胞癌中的表达、预后价值与功能研究
透明细胞肾细胞癌（ccRCC）是肾癌中最常见且最具侵袭性的组织学亚型，约占肾细胞癌（RCC）病例的75%。传统放疗和化疗对ccRCC疗效有限，手术仍是主要治疗手段；即便分子靶向治疗和免疫治疗取得进展，超过50%的患者在肾切除术后仍会发生转移，转移性RCC的5年生存率低于12%。因此，迫切需要寻找新的预后生物标志物和治疗靶点。核糖体蛋白除了参与蛋白质翻译这一传统功能外，还具有调控细胞增殖、凋亡、DNA修复和细胞周期等核糖体外功能，并已被证明参与多种肿瘤的发生发展。核糖体蛋白L28（RPL28）位于染色体19q13.42，在结直肠癌、肝癌等肿瘤中表达异常，并与不良预后和药物抵抗相关；但RPL28在ccRCC中的表达、预后意义和生物学功能尚不清楚。ccRCC具有独特的分子背景，如VHL驱动的假缺氧、代谢重编程、染色体3p频繁改变（涉及PBRM1和BAP1）、丰富的免疫浸润和显著的瘤内异质性，这些特征使得核糖体成分可能通过选择性翻译、核糖体生物发生和核糖体异质性影响肿瘤进展。基于此，本研究利用多组学数据库和体外实验系统评估了RPL28在ccRCC中的作用。该论文发表于《Cancer Reports》。
在方法上，研究人员获取了TCGA-KIRC队列（535例肿瘤/72例正常）和ICGC RECA-EU队列（91例肿瘤/45例正常）的转录组与临床数据，并用TIMER2.0进行泛癌表达分析；通过免疫组化（IHC）验证了12例来自梅州市人民医院的配对临床组织样本。免疫浸润估计采用xCell算法并用ESTIMATE进行肿瘤纯度校正；药物敏感性通过oncoPredict基于CTRP数据库预测。体外实验采用慢病毒介导的短发夹RNA（shRNA）敲低RPL28，在786-O和OSRC-2细胞系中利用CCK-8和划痕实验评估增殖与迁移；功能富集采用基因集富集分析（GSEA）。
研究结果如下：
3.1 RPL28在ccRCC中的表达：基于TCGA和ICGC队列的数据分析显示，ccRCC组织中RPL28的mRNA表达水平显著高于正常肾组织；IHC进一步证实了蛋白水平的升高。泛癌分析显示，RPL28在乳腺癌、膀胱癌、胆管癌、结肠腺癌、肝细胞癌和肺腺癌等多种癌症中也存在过表达。
3.2 RPL28表达与临床病理特征的联系：基于TCGA 535例患者的分析，RPL28高表达与男性、肿瘤存在、更高的组织学分级、进展期T分期、远处转移和进展期TNM分期显著相关，但与年龄和淋巴结分期无关。
3.3 RPL28在ccRCC中的预后意义：Kaplan-Meier生存分析显示，RPL28高表达与较差的总生存期（OS）和疾病特异性生存期（DSS）显著相关（OS：风险比[HR]=1.5，p<0.001；DSS：HR=1.9，p<0.001）。单因素和多因素Cox回归分析证实，RPL28表达是OS和DSS的独立预后因素。基于RPL28构建的列线图可预测1、3、5年OS，校准曲线、时间依赖性ROC曲线（AUC分别为0.856、0.798和0.753）和决策曲线分析均显示其具有良好的预测效能和净收益。
3.4 RPL28表达与ccRCC驱动基因突变状态：在常见ccRCC驱动基因中，SETD2突变型肿瘤的RPL28表达显著高于野生型，而BAP1、PBRM1及其他驱动基因的突变状态与RPL28表达无显著关联。结果提示RPL28升高可能与SETD2突变这一特定分子背景相关，但属于探索性发现，需谨慎解读。
3.5 RPL28表达与免疫浸润：经肿瘤纯度校正后，xCell分析显示RPL28高表达组中Tregs、NKT细胞和肥大细胞等免疫细胞浸润存在显著差异；在免疫检查点相关基因中，PDCD1和LAG3表达升高，而CD274和PDCD1LG2表达降低。
3.6 RPL28表达与药物敏感性预测：基于CTRP数据库的药物敏感性预测显示，RPL28高表达组对阿昔替尼、舒尼替尼、索拉非尼、帕唑帕尼、卡博替尼和替西罗莫司等靶向药物的预测敏感性更高，提示RPL28可能作为靶向治疗敏感性的预测标志物。
3.7 RPL28敲低抑制ccRCC细胞恶性行为：qRT-PCR确认敲低效率后，CCK-8实验显示RPL28敲低显著抑制786-O和OSRC-2细胞增殖；划痕实验显示细胞迁移能力明显下降，表明RPL28在体外促进ccRCC细胞的恶性表型。
3.8 功能富集分析：GSEA显示RPL28高表达与上皮间质转化（EMT）、TGF-β信号和MYC信号等癌症相关通路显著相关；相关分析显示RPL28表达与EMT评分呈正相关（r=0.335，p<0.001），且这一关联在多种癌症类型中一致。
讨论部分指出，RPL28在ccRCC中过表达并与不良临床病理特征和生存预后相关，支持其作为预后生物标志物和潜在治疗靶点的价值。SETD2突变与RPL28升高的关联属于假设生成性发现，仍需进一步验证。免疫浸润和药物敏感性分析基于计算推断，需通过多色免疫荧光、流式细胞术、单细胞或空间转录组测序以及药物实验验证。体外实验提示RPL28可能通过促进EMT参与ccRCC进展，并与TGF-β和MYC信号通路相互作用。研究局限性包括主要依赖TCGA队列、缺乏体内实验以及分子机制尚未完全阐明。
研究结论为：RPL28在ccRCC中过表达，并与不良生存结局、恶性细胞表型、EMT相关信号、特定免疫微环境特征及预测的治疗反应表型相关。这些发现提示RPL28可能作为ccRCC的预后生物标志物和潜在治疗靶点，但仍需进一步的机制和临床验证。
