环肽与脂质膜相互作用的粗粒化分子动力学数据集

《Scientific Data》：Coarse grained molecular dynamics dataset of cyclic peptide interactions with lipid membranes

　　

摘要

本文提出一个大型标准化的粗粒化分子动力学模拟数据集，用于表征环肽与阴离子脂质膜在受控条件下的相互作用。该数据集包含超过10,000条轨迹，采用专为环肽纳米管设计的具有手性感知的力场生成，并包含3,855个使用相同方案模拟的肽序列。从每条轨迹中提取了超过1,000个结构和能量描述符，量化了肽-膜接触、相互作用能和构象变异性。这些描述符提供了机制上可解释的特征，超越了序列信息本身，使得能够系统地比较化学多样的肽空间中膜相互作用行为。示例分析展示了该数据集如何支持相互作用剖面的无监督表征，以及开发从粗粒化结构预测膜行为的机器学习模型，说明了其在膜活性环肽的计算设计和机制研究中的重用潜力。