《Genes》：Unraveling Circular and Messenger RNA Dynamics in Colorectal Tumorigenesis: Insights into Tissue Heterogeneity and MSI-MSS Tumor Distinction
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背景/目的：环状RNA（circRNAs）是新兴的遗传信息调控因子，与信使RNA（mRNAs）共享剪接体生物发生途径，并影响其表达。越来越多的证据支持它们在结直肠癌（CRC）肿瘤发生中的作用。本研究探讨了circRNAs在两种不同的CRC肿瘤发生通路中的作用：
背景/目的：环状RNA（circRNAs）是新兴的遗传信息调控因子，与信使RNA（mRNAs）共享剪接体生物发生途径，并影响其表达。越来越多的证据支持它们在结直肠癌（CRC）肿瘤发生中的作用。本研究探讨了circRNAs在两种不同的CRC肿瘤发生通路中的作用：微卫星不稳定性（MSI）和微卫星稳定性（MSS）。研究人员研究了mRNA与其宿主基因来源的circRNAs之间的竞争，这种竞争可能破坏正常基因调控，并检查了MSS和MSI肿瘤中特定的改变模式。方法：使用靶向48个参与CRC易感性和肿瘤发生过程的基因的外显子特异性探针，对环状（circ）和线性（lin）外显子-外显子连接进行定量。从结直肠FFPE样本（1至4期腺癌和腺瘤）中提取RNA。从21例具有严重个人或家族癌症史的患者中选择MSS肿瘤（MSS-TTs）和邻近正常组织（MSS-NT）。从16例患者中选择MSI肿瘤（MSI-TTs）和邻近正常组织（MSI-NT）。同时研究了肌肉含量作为潜在的混杂因素。结果：主成分分析基于环状和线性连接的计数总和，将NT与TT样本区分开来。在肌肉含量升高的样本中，circRNA丰度较高（Kruskal-Wallis检验p值=0.034）。经肌肉含量校正的线性回归显示，与健康组织相比，肿瘤中的整体circRNA水平显著降低（MSI和MSS合并，p值=0.00268）。在MSS组中，观察到MSS-NT与MSS-TT之间在circ/lin比值以及特定基因的线性和环状连接计数方面存在显著差异。MSI分析揭示了不同的基因谱，仅在线性连接计数方面存在显著差异。结论：研究结果并不表明所研究的关键致癌基因的circRNAs与mRNAs之间存在竞争，但确实揭示了正常和肿瘤组织内部circRNA/mRNA表达模式的差异。
**研究背景与目的**
结直肠癌（CRC）是2022年全球男性和女性中发病率排名第三的恶性肿瘤。高通量RNA测序技术的进步凸显了转录组在揭示CRC分子异质性方面的重要性。环状RNA（circRNA，由反向剪接产生的共价闭合单链RNA分子）与前体信使RNA（pre-mRNA）共享相同的剪接体生物发生途径，具有高度稳定性和组织/细胞特异性表达特征。近年研究强调circRNA作为肿瘤基因表达调控因子参与肿瘤生长、转移和耐药过程。在CRC中，circRNA水平降低已被提出为结直肠癌发生的早期关键特征。circRNA具有多种功能，包括作为微小RNA（miRNA）海绵、与RNA结合蛋白和转录调控因子相互作用等。重要的是，circRNA的转录调控可能影响亲本基因表达，既往研究已显示肿瘤组织中circRNA/mRNA比值受到破坏，并存在生理性circRNA-mRNA平衡可在病理条件下被打破的证据。
基于上述考虑，研究人员假设mRNA与其宿主基因来源的circRNA之间的竞争可能破坏生理平衡和正常基因调控，从而构成结直肠肿瘤发生的特征之一。为此，研究人员研究了微卫星不稳定性（MSI）和微卫星稳定性（MSS）两种不同的结直肠癌发生通路。MSS组织并非随机选择，而是来自具有严重个人和/或家族CRC病史、即疑似具有CRC易感性的患者。研究人员选取了48个参与CRC易感性和肿瘤发生过程的基因，利用SEALigHTS技术同时分析剪接和反向剪接事件，以确定这些基因的circRNA/mRNA水平。
**主要技术方法**
研究人员采用SEALigHTS（剪接与外显子连接高通量测序分析）方法，该方法利用设计在48个癌症易感/肿瘤发生相关基因外显子边界的2160个探针，通过反转录、探针杂交和连接反应，
