用于茶种质鉴别和母系谱系追溯的具有成本效益的叶绿体InDel标记面板

《Plant Methods》：A cost-effective chloroplast InDel marker panel for tea germplasm discrimination and maternal lineage tracing

　　**摘要****背景**高效的遗传学工具对于茶叶种质资源管理至关重要，而种质资源管理是茶树种质保存和育种的基础，但目前仍缺乏实用且经济高效的标记面板用于常规的母系谱系分析。**结果**我们对18个代表性茶叶绿体基因组进行测序，鉴定了全基因组的插入/缺失（InDel）变异，并开发了茶叶叶绿体插入/缺失（InDel）标记面板。共开发了25个具有片段长度变异大于4 bp的多态性标记，可通过标准PCR和琼脂糖凝胶电泳进行基因分型。利用这些InDel标记对100份茶树材料进行系统发育分析，所构建的树与基于全叶绿体基因组序列推断的树大体一致。使用Core Hunter 3优化得到了15个核心标记子集，Mantel检验证实了其代表性（*r* = 0.94）。在真实性鉴定测试中，对来自不同来源的7份龙井43号幼苗进行了分析，仅有两个样本与参考指纹一致，证明了该标记系统的实用价值。**结论**本研究首次为茶树提供了系统化的叶绿体InDel标记面板，整个工作流程标准化且可迁移至其他物种。25标记面板为母系遗传分析提供了可靠的工具，而15核心子集则为大规模种质资源鉴定提供了经济高效的解决方案，弥补了茶树分子育种工具箱中的关键空白。