临床存档大体取材的福尔马林固定石蜡包埋组织DNA甲基化分析方法比较

《Clinical Epigenetics》：A comparison of methods for analyzing DNA methylation from clinical archival macrodissected formalin-fixed paraffin-embedded tissue

　　## 摘要### 背景胞嘧啶5′位的DNA甲基化是人体基因组中经典的表观遗传学标记，DNA甲基化的改变在癌症中经常被观察到。福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织因其保留了组织结构和大量具有临床注释的档案，被广泛应用于下一代测序（NGS）回顾性分子研究中。然而，碎片化和降解的核酸往往限制了其应用。尽管全基因组亚硫酸氢盐测序（WGBS）长期以来一直是评估DNA拷贝数和甲基化的金标准，但更新颖的酶法方法如酶促甲基化测序（EM-seq）和双模态多组学解决方案evoC试剂盒也已涌现。### 结果在此，我们使用这三种方法对FFPE残留三阴性乳腺癌（TNBC）组织进行了表征。TNBC是最具侵袭性的乳腺癌亚型，缺乏可靶向的变异，与局部和远处复发的高风险相关，大多数转移进展发生在诊断后的三年内。我们的研究结果表明，这三种测序方法均可行应用于低输入量的FFPE残留TNBC样本，并强调了在选择测序策略时应考虑的各方法特有的权衡取舍。### 结论这些发现支持了针对存档FFPE残留TNBC样本进行遗传和表观遗传学表征的简化框架，并为未来队列的扩展提供了依据。