牛津纳米孔测序技术与边合成边测序技术在游离细菌DNA测序中的比较

《Scientific Reports》：Comparison of Oxford Nanopore and Sequencing-by-Synthesis Technologies for Sequencing cell-free bacterial DNA

　　

摘要

无细胞DNA的测量正越来越多地应用于临床研究，包括用于早期疾病检测和监测的液体活检，以及个性化医学。无细胞DNA（cfDNA，通常约150–200 bp）可通过基于PCR的方法和新一代测序技术进行测量。虽然cfDNA通常会被常规测量，但来自细菌的cfDNA子集——细菌无细胞DNA（cbDNA）——却未被常规测量。在此，我们比较了牛津纳米孔技术（ONT）与基于合成的测序（SBS）在70例血浆样本和对照样本中测量cbDNA的效果。我们发现，两种平台都能成功测量这些低丰度片段，并与对照样本的理论浓度高度吻合。然而，在生物样本的微生物分类学特征方面，我们观察到平台间存在特定差异。基于合成的测序生成了更多的总读取数，尽管两种平台的cbDNA读取数相当。ONT产生了更长的读取长度，SBS则产生了更高质量的读取。这些结果表明，测序平台可能影响推断的微生物组成和多样性。平台选择应根据研究目的、所需的分类学分辨率以及样本量可用性、周转时间和生物信息学要求等实际考量进行指导。