RAISE通过转录组分析量化RNA结合蛋白活性

《Nature Communications》：RAISE quantifies RNA binding protein activity via transcriptomic profiling

　　

摘要

可变剪接（AS）极大地扩展了蛋白质组的多样性，并受到RNA结合蛋白（RBP）的精密调控，这些蛋白的活性反映了其调控影响的方向和强度。然而，由于RBP与剪接调控关系的不完整表征以及缺乏直接测量活性的实验方法，推断RBP活性仍然具有挑战性。在此，我们提出了RAISE，一种计算框架，整合包括CLIP-seq、序列基序以及从RNA-seq数据中获得的剪接改变等多模态证据，以鉴定RBP靶标，构建RBP–外显子调控网络，并定量推断不同条件下的RBP活性。RAISE鉴定的靶标再现了RBP的已知功能和特征调控模式。RAISE在多个细胞系和扰动实验中准确推断出了多样RBP的活性，并有效地捕捉到了独立于RBP表达水平的活性变化。当应用于癌症基因组图谱（TCGA）数据集时，RAISE揭示了在癌症中活性发生改变的RBP，凸显了其在剪接调控大规模分析中的潜力。此外，我们提供了RAISEDB，一个预测的RBP–外显子相互作用数据库。总之，RAISE实现了对RBP活性的系统性定量，并阐明了跨生物学和疾病背景下的剪接调控网络。