大规模基因组学分析将中国CC398定位为持续人类相关MSSA（Methicillin-susceptible Staphylococcus aureus，甲氧西林敏感金黄色葡萄球菌）谱系，区别于主导性全球LA-MRSA（Livestock-associated MRSA，家畜相关耐甲氧西林金黄色葡萄球菌）分支

《mSystems》：Large-scale genomic analysis places Chinese CC398 as a persistent human-associated MSSA lineage apart from the dominant global LA-MRSA clade

　　

金黄色葡萄球菌（Staphylococcus aureus）克隆复合体（clonal complex，CC）398已成为全球主导性家畜相关耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（LA-MRSA）谱系；然而其进化轨迹与区域多样化仍理解不全。研究人员开发了核心基因组多位点序列分型（cgMLST）方案并结合分层聚类，应用于逾30,000个金黄色葡萄球菌基因组，揭示CC398频繁跨境传播。后续时间校正系统发育分析将最近共同祖先定于1942年（95% CI：1939–1945），人至家畜宿主跳跃约在1969年（95% CI：1968–1972）。中国CC398呈现独特轨迹：不同于欧洲和北美主导的LA-MRSA，中国分离株主要为人类相关甲氧西林敏感金黄色葡萄球菌（HA-MSSA），形成东亚特有系统发育组（SAP1、SAP2及AP1–AP3），具不同耐药与毒力特征。LA谱系在中国有限，2019年后才出现多国混合簇。全球传播网络分析显示LA-CC398扩散与国际生鲜猪产品贸易显著相关，而人类相关谱系无此相关。除已确立谱系标记tet(M)和scn外，研究人员鉴定出cadC——染色体镉抗性调控因子——作为新型HA谱系富集基因，其功能作用待定。该研究揭示CC398在中国与西方国家遵循根本不同进化路径，挑战一刀切传播模型。

《mSystems》刊发的该项研究以金黄色葡萄球菌克隆复合体CC398为对象。研究背景方面，耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）自1960年代出现，后来形成医院相关/人类相关MRSA（HA-MRSA）、社区相关MRSA（CA-MRSA）与家畜相关MRSA（LA-MRSA）等类型。CC398作为LA-MRSA在全球猪群中广泛流行，并被视作人畜共患重要威胁；但既有研究多聚焦欧洲与北美，CC398是否沿统一轨迹全球扩散、中国等东亚区域如何演化、家畜贸易在传播中作用如何，均属知识空白。研究人员因此开展大尺度基因组研究，以检验“CC398全球均匀扩散”这一主流假设。

主要技术方法上，研究人员构建物种代表数据集：从NCBI获取30,719个金黄色葡萄球菌基因组，经质量过滤、FastANI种水平筛选、单连锁分层聚类获得代表基因组；新测序样本为苏州CDC 2009–2022年850株与丹麦48株。研究人员以Prokka注释、PEPPAN构建泛基因组并界定核心基因，建立新型cgMLST方案，用GrapeTree重建邻接树、HierCC分层聚类；以Random Forest（随机森林）做HA/LA谱系基因特征发现；用TreeTime对3,642个CC398基因组做时间校正系统发育；用哈佛贸易数据库做猪产品贸易与传播相关性分析；以12起确认暴发、358株定义HC6近距离传播阈值。

研究结果如下。

一、新型cgMLST方案揭示金黄色葡萄球菌全球种群结构：研究人员以1,119个核心基因建立cgMLST与HierCC，确定HC650对应传统CC。1995–2024年区间显示CC5、CC8占比下降，CC1上升，CC398在2005年后出现并维持；剔除美、法等采样偏见后趋势稳定。

二、全球CC398起源于约1969年人至家畜跳跃：时间树估出最近共同祖先为1942年，宿主跳跃约1969年。LA谱系携带更多耐药基因，tet(M)近于LA全有，scn近于HA全有；cadC作为染色体镉抗性调控因子在HA人源株中占75.4%、动物源HA株37.8%，LA中均低，且非单亚支驱动。

三、中国CC398作为持续人类相关MSSA谱系独树一帜：中国株多归HA-MSSA，形成SAP1、SAP2、SAP3、AP1–AP3等东亚特有组。SAP1耐多药但缺chp/sak/scn；SAP2带sak而非scn；AP2带chp–sak–scn；AP3带PVL（Panton-Valentine leukocidin）前噬菌体；LA株不形成中国独立枝，而归德—荷—中等多国混合枝（EAA、AAP、EP）。

四、近距离传播事件揭示CC398在猪与人间多国扩散：研究人员以157株确证暴发株定出核心基因距离≤6为HC6阈值；全球1,656个HC6簇中23个多国簇有9个含CC398，德、荷、丹的猪—人株跨界遗传关系紧密。

五、LA-CC398跨境传播与猪作为全球贮主：地理距离越近传播越多；猪驱动宿主跳跃占LA事件75%（320/428），欧洲占84%；LA-CC398与生鲜猪杂碎贸易体积相关（R=0.63），鲜猪肉次之，冻品不显著，HA谱系无相关。

六、CC398涌现的三分支进化模型：1942年MRCA为人相关MSSA；约1963年获mecA成HA-MRSA；1965–1969年获tet(M)、失scn与cadC并跳至家畜，1975年后LA-MRSA借猪产品贸易全球主导。

讨论部分总结：研究人员指出cgMLST与HierCC可补传统MLST对10%难分类株之不足，HC6阈值与wgSNP（whole-genome SNP，全基因组单核苷酸多态性）近期传播标准相容；中国CC398并非“LA-MRSA先行”，而是长期HA-MSSA并出新东亚组，SAP2可能为环境/动物溢入；猪是跨宿主唯一全向源，生鲜杂碎是非冷冻储运下病原存续媒介；cadC丢失与宿主跳跃仅时间相伴，非因果已证。研究局限为美国与欧洲过采样、非洲欠采样、前2000年推断弱。

结论部分翻译：本研究记录金黄色葡萄球菌全球种群结构转变，CC398于2000年后成优势克隆。研究人员以新型cgMLST分析逾30,000个基因组，显示CC398频繁跨境扩散，其传播网络与国际生鲜猪肉产品——尤其杂碎与鲜肉——贸易高度吻合；猪作为主要贮主驱动全球扩张，占多数宿主跳跃事件。然中国CC398轨迹迥异：仍为持续人类相关MSSA谱系，形成东亚特有系统发育组，LA-MRSA仅2019年后以多国混合簇出现。这些发现挑战CC398均匀扩散模型，凸显区域畜牧与贸易网络塑造不同进化结局；大尺度基因组与贸易数据整合，为One Health框架下区域化MRSA监测提供范式。