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《Microbiology Resource Announcements》：De novo genome assembly of Clonostachys rosea CMAA1284: a fungal strain with biotechnological potential

　　

摘要

Clonostachys rosea（粉红刺囊霉）是一种在生物防治、促进植物生长以及农业生产中必需的次级代谢产物生产方面具有重要应用价值的真菌。我们报道了C. rosea菌株CMAA1284（又称LQC 62）的从头基因组组装结果，该组装表现出高度的连续性（contiguity）和优异的基因完整性，可支持功能基因组学和生物技术领域的研究。

公告

Clonostachys rosea（粉红刺囊霉）是一种分布广泛的丝状子囊菌，因其对植物病原菌的拮抗活性、促进植物生长的能力以及产生生物活性次级代谢产物和工业酶的能力而广为人知（1, 2）。基因组资源对于旨在提升该物种农业和生物技术潜力的功能基因组学和菌株改良研究至关重要。尽管目前已有参考基因组可用（GenBank登录号 GCA_054828895.1），但为了更好地表征种内多样性和促进比较基因组分析，仍需更多高质量的基因组组装。在此，我们报道了C. rosea菌株CMAA1284的从头基因组组装结果。该巴西本土菌株已被我们课题组广泛研究，主要关注其作为生物防治剂对抗植物真菌病害和害虫的应用，以及其促进植物生长的能力（3–5）。

菌株CMAA1284于2002年从巴西米纳斯吉拉斯州维科萨市一处玫瑰田（20°45′14″ S, 42°52′55″ W）收集的玫瑰残体中分离获得，当时正在进行旨在鉴定对抗Botrytis cinerea（灰葡萄孢）生物防治剂的分析工作（6, 7）。将该菌株接种于100毫升马铃薯葡萄糖培养基（Difco，美国）中，置于250毫升带挡板锥形瓶中，在28°C、250 rpm条件下培养4天。收获菌丝生物量后，按照制造商说明书使用DNeasy PowerSoil Pro试剂盒（Qiagen，德国希尔登）提取基因组DNA。使用Illumina TruSeq DNA文库制备试剂盒构建测序文库，并在Illumina NovaSeq平台上进行测序（2 × 150 bp），共产生约6,490万条双端测序读段（9.76 Gb），对应约168×的基因组覆盖度。利用CLC Genomics Workbench v24.0.1对读段进行质量过滤和从头组装（8）。组装统计信息同样由CLC Genomics Workbench v24.0.1生成。

最终组装结果包含1,266条重叠群（contigs），总长度为55,190,458 bp，平均重叠群长度为61,119 bp，最大重叠群长度为1,390,195 bp。GC含量为50.04%，与此前报道的Clonostachys属基因组一致。组装连续性指标包括N50为243.7 kb（对应62条重叠群）。基因组完整性使用BUSCO v5.8.0进行评估（hypocreales_odb10，4,494个直系同源基因）。该组装恢复了96.5%完整的BUSCO，其中95.3%为单拷贝，1.3%为重复拷贝，0.6%为碎片化，2.8%缺失，表明基因组组装具有高度完整性。通过FastANI对 publicly available 的C. rosea基因组进行平均核苷酸一致性（ANI）分析，进一步确认了物种身份。最高ANI值（99.76%）与C. rosea菌株NF-06（GenBank登录号 GCA_054828895.1）获得，有力地支持了菌株CMAA1284的分类学归属。

CMAA1284基因组组装的高完整性和高连续性为下游分析提供了可靠的基础，包括功能注释、次级代谢产物生物合成基因簇预测、转录组整合以及基因组编辑策略。因此，该基因组组装代表了基础研究与应用研究中涉及C. rosea的一项宝贵的基因组资源。

致谢

我们感谢美国农业部和农业部农业研究局佩奥里亚办公室（美国伊利诺伊州佩奥里亚市）的Christopher A. Dunlap博士对C. rosea全基因组测序的贡献。