晚期艾滋病患者血浆宏基因组二代测序对血流感染和局部感染的诊断价值

《BMC Microbiology》：Diagnostic utility of plasma metagenomic next-generation sequencing for bloodstream and localized infections in advanced HIV disease

　　

摘要

目的

评估血浆宏基因组二代测序（mNGS）对晚期HIV疾病患者疑似血流感染（BSI）和局部感染的诊断性能。

方法

我们进行了一项回顾性观察研究，纳入110例接受血浆mNGS检测的晚期HIV疾病患者。血浆mNGS与传统微生物学检测（CMTs）同时进行了。采用基于最终临床结果的复合参考标准评估血浆mNGS和CMTs的诊断性能。对于26例血浆结果不确定的患者，对临床标本（BALF、CSF、胸腔积液或组织）进行了额外的mNGS检测。

结果

血浆mNGS在81.8%（90/110）的患者中检测到临床相关病原体。对于BSI（n = 69），灵敏度为93.9%（95% CI: 84.9–98.3%），特异度为100%（95% CI: 29.2–100%）；对于局部感染（n = 92），灵敏度为85.9%（95% CI: 77.6–91.6%）。对马尔尼菲菌病的灵敏度为100%，对耶氏肺孢子菌肺炎的灵敏度为96.2%。在检测到的263个微生物序列中，124个（47.1%）具有临床相关性；139个（52.9%）——几乎全为病毒（98.6%）——代表无症状复发。

所有非病毒序列均具有临床相关性。多个临床相关生物体的共同检测出现在29个样本中（32.2%）。在26例进行标本mNGS的患者中，与最终诊断的一致性为96.2%（25/26）。血浆mNGS漏诊了17例确诊感染，主要涉及隔离部位（CNS，n = 5）或具有复杂细胞壁的病原体（n = 10）。

结论

对于检测晚期HIV疾病患者的BSI和局部感染，血浆mNGS的诊断性能优于CMTs，尤其是对马尔尼菲菌病和耶氏肺孢子菌肺炎。阴性结果并不能排除感染；临床裁决——尤其是对于病毒检测——至关重要。标本mNGS在隔离部位感染方面提供了附加价值。