基因组结构方程模型识别出炎症性关节炎表型与生物标志物间共享的炎症遗传维度

《Annals of Human Genetics》：Genomic Structural Equation Modeling Identifies a Shared Inflammatory Genetic Dimension Across Inflammatory Arthritis Phenotypes and Biomarkers

　　

摘要

背景

炎症性关节炎（IA），包括类风湿关节炎（RA）、银屑病关节炎（PsA）和痛风，具有以C反应蛋白（CRP）和白介素-6（IL-6）为指标的系统性炎症特征，但它们共同遗传基础的广度尚不清楚。

目的

我们旨在阐明IA表型和炎症生物标志物之间共享的遗传结构。

材料和方法

我们应用基因组结构方程建模（Genomic SEM）处理RA、PsA、痛风、CRP和IL-6的全基因组关联研究（GWAS）汇总统计量，拟合了一个单一的共同因子，随后进行了多变量GWAS、精细定位、转录组全范围关联、基于基因的分析、通路富集以及细胞类型和空间映射。

结果

拟合了一个单一的共同因子（CFI = 0.990, SRMR = 0.045）。多变量GWAS在10个独立的先导位点中识别出56个全基因组显著的单核苷酸多态性（SNPs），其中包括一个新信号。精细定位优先确定了PTPN22附近的高置信度变异体、CRP基因簇和一个尿酸相关位点。基因水平的分析集中在DCLRE1B、PTPN22、IL6R、NLRP3和HNF1A上，通路富集涉及炎症小体组装和代谢-炎症重叠。细胞类型富集突出了髓样细胞群，空间映射将信号定位到肺、肾、黏膜上皮和胃肠组织。

讨论

这些结果阐明了IA表型和生物标志物之间共享的炎症遗传维度，其基础在于免疫、炎症小体、细胞因子-受体和代谢通路。

结论

总之，这些发现为优先确定未来研究的候选基因和细胞环境提供了一个有价值的框架。

利益冲突

作者声明没有利益冲突。

数据可用性声明

当前研究中分析的数据集是公开可用的。