来自热应激泌乳期荷斯坦奶牛的多组织mRNA测序、miRNA测序和单细胞RNA测序数据

《Scientific Data》：Multi-tissue mRNA-seq, miRNA-seq and single-cell RNA-seq data from heat-stressed lactating Holstein cows

　　

摘要

我们提供了一组在热应激（HS）或配对饲喂热中性（PFTN）条件下哺乳荷斯坦奶牛的多组织、多组学转录组数据集。该数据集包含：（i）来自五个组织（瘤胃上皮、肝脏、乳腺、皮下脂肪组织和骨骼肌）的 bulk mRNA-seq 数据；（ii）来自脂肪组织和骨骼肌的小 RNA-seq（miRNA-seq）数据；以及（iii）外周血单个核细胞（PBMCs）的单细胞 RNA-seq（scRNA-seq）数据。数据来源于三个独立实验，在环境控制舱中使用可比的 HS 与 PFTN 对照设计；同时提供了动静脉血液代谢物和激素测量数据。总体而言，该数据集包括来自五个器官的37个组织样本的 bulk mRNA-seq 数据、16个样本的 miRNA-seq 数据、6个 PBMC 样本（82,013 个细胞）的 scRNA-seq 数据，以及为期14天处理期间的血液生化数据。本研究新生成的原始测序数据和处理后矩阵已存入 NCBI 基因表达综合数据库（GEO），而此前发表的乳腺和瘤胃上皮数据仍可通过其原始 SRA 登录号获取；动静脉血液生化数据和额外表型数据可从 figshare 获取。该资源可用于探究奶牛对热应激的组织特异性和系统性分子反应。