《Molecular Phylogenetics and Evolution》：Recurrent hybridization shapes the diversification of Western Palearctic common toads (
Bufo bufo complex)
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冰期旋回反复将温带物种分割成避难所种群，促进了分化，作为物种形成的第一阶段。然而，间冰期扩张常常重新连接这些谱系，使基因流能够侵蚀分化并重塑谱系地理轨迹。研究人员在西古北界普通蟾蜍（Bufo bufo复合体）中研究了这些动态，整合了全基因组双酶切限制性位点相关
冰期旋回反复将温带物种分割成避难所种群，促进了分化，作为物种形成的第一阶段。然而，间冰期扩张常常重新连接这些谱系，使基因流能够侵蚀分化并重塑谱系地理轨迹。研究人员在西古北界普通蟾蜍（Bufo bufo复合体）中研究了这些动态，整合了全基因组双酶切限制性位点相关DNA测序（ddRAD-seq）位点与广泛的线粒体数据集。系统发育基因组学分析解析了三个公认物种B. eichwaldi、B. spinosus和B. bufo，并在后者中识别出分布于亚平宁半岛、巴尔干半岛、高加索和北欧的四个主要谱系。线粒体与核基因组模式深度不一致，且不同的历史基因流推断方法均支持过去的杂交。尤其是，研究人员的分析表明，先前基于其深度分化的线粒体DNA（mtDNA）而被归入争议物种“B. verrucosissimus”的高加索种群，实际上是B. bufo内部的一个浅层核基因组谱系，并在安纳托利亚与巴尔干谱系形成一个宽的间渡带，这反对其物种地位。总之，这些结果突显了一个反复出现的过程：避难所谱系并非在严格隔离中分化，而是反复经历基因流，从而减少了物种形成的机会，并模糊了基于树的谱系地理和系统学假说。
研究背景：第四纪冰期—间冰期旋回反复压缩温带物种的分布范围，使其隔离在多个避难所中，长期隔离促进遗传分化，进而可能迈向物种形成。然而，间冰期扩张又会将分化中的谱系重新连接，基因流可能抵消分化，甚至导致谱系融合或成种逆转。传统谱系地理学依赖二分叉系统发育模型和单亲遗传的线粒体DNA（mtDNA）标记，难以捕捉这类网状进化过程。西古北界普通蟾蜍（Bufo bufo复合体）分布广、遗传多样性高，是研究隔离分化与历史基因流如何共同塑造多样性的理想系统。该复合体包含三个公认物种B. eichwaldi、B. spinosus和B. bufo，其中B. bufo内存在多个线粒体谱系，尤其高加索和安纳托利亚谱系因mtDNA深度分歧被部分学者归为独立种B. verrucosissimus，但核基因证据并不一致；微卫星研究甚至显示有效遗传边界
