《Journal of Microbiological Methods》：Improving quality control of microbial agri-inputs by confirming strain identity with an easy and low-cost PCR-multiplex: A study case with
Azospirillum brasilense
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摘要首款含有巴西巴氏螺菌（Azospirillum brasilense）优良菌株Ab-V5和Ab-V6的商业产品于2009年在巴西上市。这两种菌株在禾本科植物以及与豆科作物共接种方面展现了农艺有效性，2024年的接种量约为4300万剂。目前，对这些菌株的官方鉴定采用rep-
摘要
首款含有巴西巴氏螺菌（Azospirillum brasilense）优良菌株Ab-V5和Ab-V6的商业产品于2009年在巴西上市。这两种菌株在禾本科植物以及与豆科作物共接种方面展现了农艺有效性，2024年的接种量约为4300万剂。目前，对这些菌株的官方鉴定采用rep-PCR方法，该方法可靠但耗时且劳动量大。在本研究中，我们开发了一种多重PCR检测方法，利用菌株特异性SNP，在单次反应中同时鉴定Ab-V5和Ab-V6。正向引物的3′末端核苷酸被设计为对应于每个目标菌株特有的菌株特异性SNP。为了进一步增强特异性，在正向引物3′端第四位核苷酸处引入了人工错配。SNP通过Snippy基于Ab-V5与Ab-V6的基因组比对鉴定，并通过与其他巴西巴氏螺菌物种基因组进行局部BLASTn分析加以确认。在多重检测中，单次反应中观察到了两种菌株的同时且特异性扩增，未出现非特异性扩增。引物特异性还通过实验对其他巴西巴氏螺菌菌株（Ab-V1、Ab-V2、Ab-V4、Ab-V7、Ab-V8和Sp7T）进行了评估，并通过计算对与农业接种剂相关的不同属细菌进行了分析，同时对含有Ab-V5和Ab-V6的商业接种剂样本进行了检测。结果证实了引物对Ab-V5和Ab-V6的高特异性，并表明该方法能够鉴定商业接种剂中的菌株。该检测方法通过简单、快速、低成本的方法实现菌株确认，有助于接种剂的质量控制。
Leonardo Araujo Terra|Amanda Alves de Paiva Rolla-Santos|Renan Augusto Ribeiro|Marco Antonio Nogueira|Mariangela Hungria
CNPq，Telemundi II大厦，SAUS Quadra 01 Lotes 1 e 6，邮编，巴西联邦区巴西利亚
