dcHiChIP：一种基于 Nextflow 的综合流程，用于从 HiChIP 数据中进行染色质架构的多尺度分析

《Bioinformatics》：dcHiChIP: A comprehensive Nextflow-based pipeline for multiscale analysis of chromatin architecture from HiChIP data

　　

摘要

背景动机

尽管HiChIP在研究蛋白质导向的染色质结构方面应用日益广泛，但仍缺乏一套全面且可重复的流水线来分析这些数据集——从原始测序reads到多尺度三维基因组特征。现有工具往往只关注孤立组件，如染色质环检测或矩阵生成，但在整合结构注释、功能富集和空间建模于统一框架内方面仍有不足。为弥补这一空白，我们开发了dcHiChIP，一个基于Nextflow的模块化、可扩展工作流程，可简化HiChIP数据分析，支持常规处理和染色质组织及调控相互作用的深入研究。

结果

dcHiChIP能够在多个染色质结构尺度上对HiChIP数据集进行稳健且可重复的分析。它接受原始测序数据作为输入，生成高质量的染色质环检测结果、结构域注释和三维基因组模型。它还执行功能注释和基序富集分析。应用于CTCF HiChIP基准数据集时，dcHiChIP能够识别主要的染色质结构特征，如TADs/CCDs、A/B结构域和染色质条纹，并提供高效的端到端执行，支持批量处理和工作流恢复功能。

获取方式

dcHiChIP已在GitHub上公开提供，地址为 https://github.com/SFGLab/dcHiChIP，文档位于 https://sfglab.github.io/dcHiChIP/。本研究中使用的软件版本已存档于Zenodo：https://doi.org/10.5281/zenodo.22030542

补充信息

补充数据可在Bioinformatics线上获取。