SpatialGater：一个基于R语言和Shiny框架的Web工具，用于空间组学实验中细胞的原位定位与分析

《BMC Bioinformatics》：Spatialgater: an R Shiny webtool for in situ gating of cells in spatial omics experiments

　　

摘要

背景

多重成像技术生成高维数据集，其中包含细胞的分子特征以及空间坐标，这些数据可以存储在SpatialExperiment对象中。

结果

目前使用SpatialExperiment类的分析工作流程在根据细胞的生物分子表达水平对细胞进行聚类后，会忽略它们在组织中的空间位置进行分离。尽管存在基于区域/邻域的检测方法，但尚无法根据细胞的具体位置随意选择单个细胞。通过引入spatialgater，我们旨在通过直观的基于网页的用户界面提高图像分析的交互性并减少编程工作量，实现从SpatialExperiment对象中选择细胞的功能。该软件包将细胞以点的形式显示在可缩放的图像上，并允许用户直接在单个细胞上绘制多边形区域。集成的k最近邻（k-nearest neighbor）功能可以自动将手动绘制的区域扩展到相似的空间微环境中。所有选定的细胞标识符可以导出为CSV文件，或作为新的逻辑列保存回原始数据集中。所有手动绘制的多边形都会被存储在日志文件中以确保可追溯性。

结论

spatialgater为空间分析流程提供了易于使用且交互性强的补充工具。通过使用一个公开可用的乳腺癌组织成像质谱数据集，我们验证了其在根据细胞的空间位置对其进行特征分析和比较方面的有效性。

背景

多重成像技术生成高维数据集，其中包含细胞的分子特征以及空间坐标，这些数据可以存储在SpatialExperiment对象中。

结果

目前使用SpatialExperiment类的分析工作流程在根据细胞的生物分子表达水平进行聚类后，会忽略它们在组织中的空间位置进行分离。尽管存在基于区域/邻域的检测方法，但尚无法根据细胞的具体位置随意选择单个细胞。通过引入spatialgater，我们旨在通过直观的基于网页的用户界面提高图像分析的交互性并减少编程工作量，实现从SpatialExperiment对象中选择细胞的功能。该软件包将细胞以点的形式显示在可缩放的图像上，并允许用户直接在单个细胞上绘制多边形区域。集成的k最近邻（k-nearest neighbor）功能可以自动将手动绘制的区域扩展到相似的空间微环境中。所有选定的细胞标识符可以导出为CSV文件，或作为新的逻辑列保存回原始数据集中。所有手动绘制的多边形都会被存储在日志文件中以确保可追溯性。

结论

spatialgater为空间分析流程提供了易于使用且交互性强的补充工具。通过使用一个公开可用的乳腺癌组织成像质谱数据集，我们验证了其在根据细胞的空间位置对其进行特征分析和比较方面的有效性。