基于数据非依赖性采集的特发性肺纤维化与纤维化型过敏性肺炎的探索性蛋白质组学分析

《Respiratory Research》：Exploratory proteomic analysis of idiopathic pulmonary fibrosis and fibrotic hypersensitivity pneumonitis using data-independent acquisition

　　

摘要

背景

特发性肺纤维化（IPF）和纤维化型过敏性肺炎（fHP）是两种不同的间质性肺病，常表现出相似的临床特征，使得鉴别诊断具有挑战性。精确诊断至关重要，因为这两种疾病的治疗策略不同。

方法

我们采用基于数据非依赖采集质谱的蛋白质组学方法，以鉴定潜在的诊断生物标志物并深入了解 IPF 和 fHP 的致病机制。我们分析了 IPF 患者（n = 5）、fHP 患者（n = 10）和对照组（n = 7）的福尔马林固定、石蜡包埋肺组织样本。

结果

共鉴定出 7,939 种蛋白质，与对照组相比，IPF 和 fHP 组均表现出不同的蛋白质表达谱。在基因富集分析中，与 fHP 相比，IPF 中上调的蛋白质主要与纤毛相关功能有关，且仅在 MUC5AC+ 或纤毛上皮细胞中表达。利用公开的单细胞 RNA 测序数据进一步验证了 IPF 中纤毛相关蛋白质的上调。我们鉴定出了每种疾病特异性的关键生物过程、通路和上游调节因子。在 IPF 中，蛋白质糖基化和脂肪酸代谢显著上调，而免疫系统信号通路在 fHP 中富集。上游分析显示 SENP2、FER 和 EFS 可能是 IPF 的潜在调节因子，而 MAP3K8、SENP2、TEC 和 FER 可能是 fHP 的潜在调节因子。

结论

我们的研究为 IPF 和 fHP 的潜在分子机制提供了新的见解，并突出了潜在的诊断生物标志物。本研究为未来旨在改善这些严重的肺部疾病诊断和治疗工作的验证和功能研究奠定了基础。