《Journal of Food Protection》：Patterns and Trends in
Salmonella Positive, High-level
Salmonella, Serotypes, and Establishment Categorization in FSIS FY2023-25 Raw Chicken Parts Laboratory Sampling Data
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美国农业部（USDA）食品安全检验局（FSIS）从禽类产品收集沙门氏菌（Salmonella）数据，并基于52周移动窗口内的沙门氏菌流行率对企业进行归类，其中1类代表较低、2类为中等、3类为较高流行率。研究人员分析了2023年1月1日至2025年9月30日FS
美国农业部（USDA）食品安全检验局（FSIS）从禽类产品收集沙门氏菌（Salmonella）数据，并基于52周移动窗口内的沙门氏菌流行率对企业进行归类，其中1类代表较低、2类为中等、3类为较高流行率。研究人员分析了2023年1月1日至2025年9月30日FSIS生鲜禽类实验室抽样数据中的鸡部位数据，以进一步了解沙门氏菌流行率、高水平污染（≥10 CFU/mL rinsate）、以及跨企业规模、产品类型、月份、年份和血清型的企业归类情况。沙门氏菌流行率在企业规模、产品类型及其交互作用间存在显著差异。小型和极小型企业相比大型企业在腿类和翅类产品中对沙门氏菌阳性具有显著更高优势比（aOR=1.7–2.1），而胸类产品中企业规模差异较小。相反，高水平沙门氏菌出现在产品类型、抽样月份和抽样年份间差异显著；无血清型数据的阳性样本发生高水平沙门氏菌的优势比低于高风险血清型阳性样本（aOR=0.37–0.40）。在企业层面，各移动窗口样本量及类别分布随企业规模变化：大型企业通常每窗口样本更多，但归为1类或3类的窗口比例更低。研究人员观察到1类呈显著单调递增趋势（Kendall’s τ=0.77，p<0.001），2类和3类呈下降趋势。这些结果为政府监管与行业管理控制禽类沙门氏菌提供决策依据。
研究背景方面，非伤寒沙门氏菌（Salmonella）是美国食源性疾病主要病原之一，约20%食源沙门氏菌病例归因于鸡肉；1998—2022年已识别鸡产品中，鸡部位导致69%暴发、最多发病与住院。FSIS以企业层面沙门氏菌流行率实施企业分类（Category 1/2/3），但公开快照难以揭示产品类型、企业规模、季节、年份、血清型等样本与企业层面特征如何与污染和归类相关联。既往研究少有在禽类冲洗液定量（qPCR）实施后系统分析RAW Poultry Laboratory Sampling Data。因此，研究人员利用2023—2025年FSIS生鲜鸡部位实验室抽样数据，分析沙门氏菌阳性、高水平沙门氏菌（≥10 CFU/mL rinsate）、血清型风险分组及52周移动窗口企业归类，服务数据驱动监管与行业管理。论文发表于《Journal of Food Protection》。
主要技术方法上，研究人员下载FSIS 2023—2025财年RAW Poultry Laboratory Sampling Data中鸡部位项目（HC_CPT_LBW01）数据，并联动FSIS Meat, Poultry and Egg Product Inspection Directory获取企业规模；以唯一样本编号关联一级数据集与二级血清型数据集；采用皮尔逊卡方检验比较分类变量分布；构建含企业编号随机截距的多变量混合效应logistic回归（mixed-effects logistic regression），分析沙门氏菌阳性与高水平污染影响因素及企业规模×产品类型交互；对阳性且定量的2982份样本评估血清型风险分组与高水平污染关系；按FSIS规则重算52周移动窗口企业归类（≤7.7%为Category 1，>7.7%且≤15.4%为Category 2，>15.4%为Category 3，窗口内至少10份方可归类），并用Mann-Kendall趋势检验分析类别时间趋势。
研究结果如下。
Factors associated with Salmonella positive were not necessarily associated with high-level Salmonella occurrence：研究人员通过全体合格样本分布与混合效应模型发现，企业规模与产品类型影响沙门氏菌阳性，而高水平沙门氏菌受产品类型、月份、年份影响；阳性与高水平污染驱动因素并不一致。
Salmonella positive differ significantly by establishment sizes, product types, and their interaction：研究人员经观察值与模型预测图及Tukey校正两两比较发现，大型企业阳性率最低；腿类最低；企业规模×产品类型交互显著，小型/极小型企业在腿、翅类相对大型企业阳性优势比更高，胸类规模差异较弱。
No temporal pattern found for Salmonella positive while an increasing trend found for high-level Salmonella occurrence：研究人员用B-spline拟合时间趋势发现，沙门氏菌阳性无显著年月趋势；高水平污染2025年最高，2023—2025年呈上升，9月、11月、12月相对1月优势比升高，但年内无稳定季节规律。
Different serotype risk classification approaches found different associations between serotype risk classification and high-level Salmonella occurrence among quantified positive samples：研究人员用FSIS基因组聚类高毒力框架与ARS血清型关注清单分别分组，发现无血清型数据组高水平比例最低且优势比显著低；ARS框架下其他血清型显著低于关注血清型，FSIS框架下其他与高毒力无显著差异，说明分类框架改变结论。
Number of samples collected per moving window and distribution of establishment categories differed across establishment sizes：研究人员展示移动窗口样本量与百分阳性散点及类别堆叠条，发现大型企业更多窗口≥52份，小型/极小型更多窗口<10份；类别分布跨规模显著不同，极小型Category 1比例最高，小型Category 3比例最高。
Temporal trends were not observed in sample-level Salmonella positive but were showed in moving-window categories：研究人员用月度曲线与Mann-Kendall检验发现，样本水平阳性无单调趋势；全行业Category 1上升（Kendall’s τ=0.766，p<0.001），Category 2/3下降；大型Category 1/2无显著趋势而Category 3略升，小/极小型与全行业一致。
讨论部分总结：研究人员指出沙门氏菌流行率与高水平污染并非同一因素驱动，仅产品类型同时关联两者，胸、翅风险可能更高；血清型风险分组结论受Infantis等分类影响，无血清型数据形成数据缺口；企业规模与归类表现不完全线性，小型企业受资源与成本约束在两端均弱，大型企业因官僚与沟通链条复杂对过程失控响应较慢，小企业在结构简单下Category 1提升更明显。
结论部分翻译：在本研究中，研究人员分析了2023—2025年FSIS生鲜鸡部位实验室抽样数据，以补充关于沙门氏菌流行率、高水平污染及企业归类在样本层与企业层关键变量上的认识。研究人员发现沙门氏菌流行率与高水平沙门氏菌出现并非总由相同因素关联：流行率在企业规模与产品类型间显著差异，高水平污染在产品类型、抽样月份与年份间显著差异；高风险血清型阳性样本相较无血清型数据阳性样本具有更高高水平污染优势比；企业类别分布与企业规模显著关联；移动窗口类别分布随时间在不同规模企业间呈现分化。总体而言，研究人员对FSIS多变量数据分析提供了生鲜鸡部位沙门氏菌污染更丰富图景，结合对这些模式公共卫生影响的未来评估，可推动更契合禽类沙门氏菌病风险的监管政策与行业管理策略。
