《Environmental DNA》：Fish Community Composition Revealed by eDNA Metabarcoding in Mangrove-Associated Lagoons of Negombo and Puttalam, Sri Lanka
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红树林相关潟湖是鱼类关键的育幼和摄食栖息地，然而由于依赖传统的基于捕捞的方法，斯里兰卡这些潟湖的生物多样性记录仍然不足。在此，研究人员应用环境DNA（eDNA）宏条形码表征尼甘布（湿区）和普塔勒姆（干区）潟湖的鱼类群落。对从水样中提取的eDNA进行高通量测序，
红树林相关潟湖是鱼类关键的育幼和摄食栖息地，然而由于依赖传统的基于捕捞的方法，斯里兰卡这些潟湖的生物多样性记录仍然不足。在此，研究人员应用环境DNA（eDNA）宏条形码表征尼甘布（湿区）和普塔勒姆（干区）潟湖的鱼类群落。对从水样中提取的eDNA进行高通量测序，获得了超过168万条质量过滤读长，归属于194个操作分类单元（OTUs）。这些OTU代表尼甘布47科87种和普塔勒姆35科54种，其中39种为两潟湖共有，且多数为广盐性物种。相对读长丰度（RRA）谱显示，尼甘布的科组成具有较大空间异质性，而普塔勒姆则以少数鱼类科的优势度更强为特征。在两个系统中，香农多样性在潟湖口最高，在内潟湖最低。β多样性分析显示，两潟湖之间的鱼类群落组成存在显著差异（PERMANOVA，R2 = 0.106，p = 0.001），而潟湖内各区域间未检测到显著差异。物种丰富度估计与传统调查的历史记录大致相当。然而，eDNA宏条形码通过检测更广泛的经济重要、隐蔽性和珊瑚礁关联类群，提供了补充性见解。这些发现证明了eDNA宏条形码在表征海洋–半咸水–淡水过渡带鱼类群落方面的效用。该研究提供了尼甘布和普塔勒姆潟湖鱼类多样性的最新分子评估，并凸显了eDNA在斯里兰卡沿海生态系统生物多样性监测和渔业管理中的潜力。
红树林生态系统是地球上生产力最高的生态系统之一，为众多鱼类提供关键的育幼和摄食场所。斯里兰卡拥有约160 km2的红树林，大多与潟湖和河口相连，其中尼甘布潟湖（湿区）和普塔勒姆潟湖（干区）是两个生态条件迥异且研究相对集中的系统。然而，之前基于传统捕捞手段的调查存在侵入性强、劳动密集、难以捕获稀有或隐蔽物种等局限，导致对这些红树林相关潟湖鱼类多样性的认识仍不完整。为此，研究人员应用环境DNA（eDNA）宏条形码技术，对这两个潟湖的鱼类群落组成进行了全面表征，旨在与传统采样方法进行比较，并探索eDNA在斯里兰卡沿海生物多样性监测与渔业管理中的潜力。该研究发表在《Environmental DNA》杂志上。
研究于2022年8月至2023年10月在尼甘布和普塔勒姆潟湖开展。尼甘布设15个采样点，普塔勒姆设10个，并按潟湖口、中央区和内潟湖分层，每个点采集2份重复水样，现场过滤后提取eDNA。通过MiFish-U、MiFish-U2和MiFish-E-v2引物组合扩增鱼类12S rRNA基因片段，
