《Molecular Microbiology》：Regulation by the Transcriptional Regulator YdcI in E. coli and (p)ppGpp-Dependent Activation of ydcI Expression
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YdcI是一种LysR型转录调控因子（LTTR），此前已被认为与大肠杆菌（Escherichia coli）和肠道沙门菌（Salmonella enterica）中多种与应激反应和代谢适应相关的表型有关。本研究针对大肠杆菌中YdcI对特定靶基因座的调控，以及y
YdcI是一种LysR型转录调控因子（LTTR），此前已被认为与大肠杆菌（Escherichia coli）和肠道沙门菌（Salmonella enterica）中多种与应激反应和代谢适应相关的表型有关。本研究针对大肠杆菌中YdcI对特定靶基因座的调控，以及ydcI表达和YdcI合成的调控进行了研究。通过电泳迁移率变动分析（EMSA），研究人员验证了YdcI与大肠杆菌K12中先前通过染色质免疫沉淀-外切酶测序（ChIP-exo）分析鉴定出的10个基因座的DNA结合。其中两个基因座iraP和mqo受YdcI调控（通过启动子lacZ融合实验证明），而其他基因座的调控作用至少在所检测条件下较为微弱。研究数据表明，YdcI在受H-NS抑制且依赖(p)ppGpp的应激诱导iraP启动子处发挥H-NS拮抗剂的作用。基因iraP编码RssB抗衔接蛋白IraP，该蛋白可阻止RssB介导的RpoS降解靶向。被YdcI抑制的基因mqo编码三羧酸（TCA）循环酶苹果酸：醌氧化还原酶。其他YdcI结合基因座编码参与TCA循环的酶以及膜转运蛋白。此外，ydcI基因自身的转录在磷酸盐胁迫条件下由警报素（alarmone）(p)ppGpp诱导；该基因不受自身调控，并且YdcI蛋白水平在从指数生长早期进入中期时显著增加。综上，该研究呈现了YdcI调控、ydcI表达及YdcI合成的相关方面，这些方面与其在大肠杆菌非生物胁迫响应和代谢调控中的潜在作用相关。
论文发表在《Molecular Microbiology》。YdcI是肠杆菌目中保守的LysR型转录调控因子（LTTR），此前在大肠杆菌和肠道沙门菌中被报道与酸应激抗性、生物被膜形成、持留菌
