KadakExpress——印度黑鸡品种的组织特异性基因表达图谱

《Scientific Reports》：KadakExpress — a tissue-specific gene expression atlas of the Indian black chicken breed

　　

摘要

Kadaknath是唯一一种具有高经济价值的本土印度黑色肉鸡品种。然而，由于基因组信息的匮乏，对其进行选择性育种、可持续生产和保护的难度较大。在这里，我们提供了一个名为KadakExpress的综合性数据库，该数据库记录了Kadaknath鸡的基因表达情况，有助于深入了解16种主要组织中各基因的基因组生物学特性和功能。研究采用了基于RNA测序的转录组学方法来描述转录组特征，分类不同组织中的基因表达模式，并提供了补充分析结果。通过FastQC工具对原始数据及处理后的数据的质量进行了评估，包括碱基质量、GC含量、重复序列比例以及k-mer分布等指标。该数据库包含39,679个基因，3,83,176个基因与功能注释（涵盖生物过程、分子功能和细胞组分等类别）的对应关系，以及5,727个Reactome数据库中的通路注释。其中，大脑组织中的独特基因数量最多（302个），而16种组织中共检测到1,608个独特基因。此外，还设计了专门的检索功能以便高效获取所需信息。这个多组织转录组数据库现已向科学界开放，将成为研究印度黑色肉鸡相关基因、通路和网络的宝贵资源。KadakExpress为未来关于Kadaknath鸡黑色肉色素形成机制、疾病抵抗力、环境适应性以及其他经济重要性状的分子基础研究提供了有力的支持。