全基因组DNA甲基化图谱揭示后尿道瓣膜相关慢性肾脏病儿童中与分期和严重程度相关的表观遗传改变

《Epigenomes》:Genome-Wide DNA Methylation Profiling Reveals Stage- and Severity-Associated Epigenetic Alterations in Children with Posterior Urethral Valve-Associated Chronic Kidney Disease

【字体: 时间:2026年09月14日 来源:Epigenomes 4.1

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背景:慢性肾脏病(CKD)是儿童发病的重要原因,尤其是在伴有肾脏和泌尿系统先天异常的儿童中。尽管表观遗传学改变已被证实与CKD相关,但在后尿道瓣膜(PUV)患者中,与分期相关的基因组范围DNA甲基化变化仍未得到充分表征。本研究旨在表征PUV儿童在不同CKD分期的DNA甲基化模式,并识别与CKD严重程度相关的潜在甲基化标志物。方法:采用Illumina MethylationEPIC v2.0芯片对20例按CKD分期分层的PUV男孩外周血DNA和19例年龄匹配的健康男性对照进行全基因组DNA甲基化谱分析。分析内容包括全局分阶段模型、各分期与对照的比较及CKD分期间的比较、整体PUV相关CKD与对照模型、功能富集分析、候选CKD进展基因分析以及与CKD严重程度相关的甲基化分析。结果:全局分阶段分析在对照和PUV相关CKD之间鉴定出11,134个显示显著甲基化变化的CpG位点。早期CKD分期的差异甲基化负荷有限,但在晚期CKD中显著增加,第4期和第5期分别鉴定出4,734个和20,242个差异甲基化位点(DMPs)。晚期CKD分期中DMP相关基因显示出免疫相关、结构重塑和细胞内信号通路的功能富集。候选基因分析发现先前报道的CKD进展相关基因存在显著甲基化变化,且在晚期CKD分期中表现更为突出。与CKD严重程度相关的分析鉴定出cg16879596_BC21(注释至CYP3A5),其与CKD严重程度呈正相关(r = 0.74,FDR = 1.32 × 10?5)。该CpG位点的甲基化水平随CKD分期递增,并在PUV相关CKD患者与对照之间显示出较强的内部区分能力(AUC = 0.947,95% CI = 0.887–1.000)。结论:PUV相关CKD的特征为分期相关的DNA甲基化变化,且在晚期CKD分期中甲基化负荷显著增加。研究结果凸显了与晚期CKD相关的免疫、结构重塑和信号通路,并将CYP3A5甲基化鉴定为CKD严重程度的潜在标志物。未来需要更大规模的纵向研究,并结合独立验证和功能整合。
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