四种亚硫酸盐转化试剂盒对比及其对DNA甲基化检测和年龄预测的影响

《Genes》：Comparison of Four Bisulfite Conversion Kits and Their Effects on DNA Methylation Detection and Age Prediction

　　

摘要

背景/目的：本研究旨在比较四种商业化亚硫酸盐转化试剂盒——Premium Bisulfite Kit（优质试剂盒）、SuperMethyl? Fast Bisulfite Conversion Kit（快速试剂盒）、SuperMethyl? Max Bisulfite Conversion Kit（最大量试剂盒）和 EZ DNA Methylation-Gold? Kit（黄金试剂盒）（以下简称：Premium、Fast、Max和Gold）——在不同DNA输入水平下对年龄预测准确性的影响。方法：使用从血液样本中提取的DNA和DNA甲基化标准品进行比较。测试了不同的DNA输入量（1–50 ng），所有样本均进行了两次分析。经亚硫酸盐处理后，通过PCR扩增10个靶标，并在MiSeq平台上进行测序。性能评估涵盖以下指标：PCR后DNA得率、转化效率、测序深度和β值重复性、β值特异性、成本以及操作时间。此外，还检测了10个PCR片段上与年龄相关的CpG位点的DNA甲基化水平，并确定了年龄预测的准确性。结果：没有任何试剂盒在所有指标中均表现优越。经Premium和Max试剂盒处理后，PCR后DNA浓度更高，结果更加稳健且可重复性更好，尤其是在低DNA输入量时表现尤为突出。与5–50 ng DNA输入量相比，1 ng DNA输入量的扩增子浓度、测序深度以及重复测定间的重复性均显著降低。结论：对于法医遗传学年龄预测目的而言，Max或Premium试剂盒是亚硫酸盐转化的更合适选择；而在样品量不是限制因素、成本和通量为主要考量因素的场景下，Fast试剂盒可能更为优选。