Loopcity：一个用于从Hi-C数据中检测染色质环社区的R语言包

《Bioinformatics Advances》：Loopcity: An R package for the detection of chromatin loop communities from Hi-C data

　　

摘要

概要

从 Hi-C 数据中识别出的染色质环通常被单独分析，但最近的研究表明，它们通常组织成高度互联的多环群落，其生物学意义尚未完全阐明。本文描述了 loopcity，这是一个 R 包，通过构建和聚类加权相互作用网络来识别 Hi-C 数据中的多环群落。

可用性与实现

可在 GitHub 获取：https://github.com/sarmapar/loopcity（目前正在提交至 Bioconductor）

补充信息

补充数据可在 Bioinformatics Advances 在线获取。