缅甸2024年雨季急性呼吸道感染病原体的分子监测与遗传特征分析

《Virology Journal》：Molecular surveillance of respiratory viruses among outpatients with acute respiratory infections in Yangon, Myanmar, during the 2024 rainy season

　　

摘要

背景

急性呼吸道感染（ARI）仍然是缅甸这一东南亚热带国家的主要公共卫生问题，但全面的分子监测数据有限。我们在 2024 年雨季期间进行了门诊监测，并表征了病原体的分布、季节性和病毒遗传多样性。

方法

2024 年 6 月至 11 月，在仰光的两家医院招募了 ARI 门诊患者。鼻咽拭子通过快速诊断试验（RDTs）筛查流感、呼吸道合胞病毒（RSV）和 SARS-CoV-2。RDT 阳性标本经实时 PCR（RT-PCR）确认。RDT 阴性标本使用 BioFire^? FilmArray^? 呼吸道 2.1 面板（BioFire RP）进行检测。循环阈值（Ct）< 32 的甲型 H1N1pdm09、H3N2 和 B/Victoria 病毒毒株接受了下一代测序以进行血凝素（HA）系统发育分析。人类偏肺病毒（hMPV）阳性标本针对部分 F 基因进行了测序以进行基因分型。

结果

在 646 名 ARI 门诊患者（中位年龄 3.7 岁）中，548 例（84.8%）检测到至少一种病原体。在 331 份 RDT 阳性标本中，最常检测到的是甲型 H3N2 流感（40.5%）、RSV-A（21.5%）和 B/Victoria 型流感（20.2%），以及一例甲型 H1N1pdm09 病例（0.3%）。在通过 BioFire RP 分析的 315 份 RDT 阴性标本中，鼻病毒/肠道病毒（42.5%）和 hMPV（15.2%）最为普遍。在 229 份 BioFire RP 阳性标本中，有 35 例（15.3%）被确定为混合感染。流感活动高峰出现在 7 月至 8 月，而 RSV 高峰出现在 9 月。系统发育分析显示，甲型 H3N2 流感序列聚集在 J.2/J.2.1/J.2.2 进化分支内，B/Victoria 序列聚集在 V1A.3a.2（主要为 C.5.7）内，而唯一的甲型 H1N1pdm09 序列聚集在 C.1.9 内。值得注意的是，hMPV 的部分 F 基因测序显示，基因型从 2023 年的 A2/B1 混合型转变为 2024 年的以 B2 型为主。

结论

在此环境中，2024 年雨季期间各种呼吸道病毒共同流行，流感、RSV 显示出明显的季节性高峰。持续的病毒遗传进化强调了维持分子监测的必要性。