青藏高原自然与退化草甸高原鼠兔粪便细菌及真核生物DNA特征差异：线虫类分子信号的检测

《BMC Microbiology》：Grassland-associated bacterial and eukaryotic DNA signals in plateau pika feces across sampled natural and degraded grasslands

　　

摘要

背景

草甸相关的生境差异可能反映在野生小型哺乳动物的粪便微生物和真核生物DNA特征中，但此类宿主关联响应在高海拔草甸中仍缺乏充分表征。高原鼠兔（Ochotona curzoniae）是青藏高原的基石性小型哺乳动物，连接着植被、土壤、洞穴系统、捕食者与寄生虫相关的界面。我们评估了采样的自然草甸与退化草甸之间粪便细菌及广义真核生物DNA特征是否存在差异，并特别关注线虫类18 S信号。

结果

我们分析了在中国色达县一个采样的自然草甸样地与一个采样的退化草甸样地收集的30个配对高原鼠兔样本的粪便16 S rRNA V3-V4与18 S rRNA V4图谱。在将16 S稀释至每样本26,106条序列、18 S稀释至每样本21,298条序列后，草甸状态之间没有任何α多样性指标存在显著差异。相比之下，细菌及总体真核生物组成存在显著差异，尽管草甸状态仅解释了多元变异的一小部分。广义18 S图谱以真菌为主导。线虫类、广义寄生虫相关以及严格寄生虫相关的18 S信号在所采样的退化草甸中更高。PR2/SILVA检索支持对关键扩增子序列变异进行广义线虫门（Nematoda）归属，但不支持将Lamotheoxyuris或Eimeria作为正文中的谱系层级结论。跨域分析未支持细菌—真核生物之间存在强耦合。

结论

粪便细菌与真核生物DNA特征捕捉到了高原鼠兔中与草甸相关的组成重组，而两个所采样的草甸状态之间样本内多样性仍保持相似。所采样退化草甸中升高的线虫门（Nematoda）/线虫类18 S DNA信号提供了一种非侵入性分子信号，有待针对性的寄生虫学验证。由于每种草甸状态仅由一个样地代表，且18 S稀释曲线仍未完全饱和，研究结果仅限于所采样的样地，不应被解释为景观尺度效应、感染率或寄生虫负荷。