基于内在结构中位数的分子动力学路径聚类方法PRISM：从丙氨酸二肽到蛋白质变构转变的构象家族划分

《Digital Discovery》：Pathway Representation via Intrinsic Structural Medoids (PRISM): A Structural Mapping Approach to Clustering Molecular PathwaysOpen Access

　　

我们提出了通过内在结构中位数的路径表示方法（PRISM），这是一个状态感知的框架，用于对生物分子转变的分子动力学模拟路径进行聚类。在PRISM中，每条路径被映射到一组通过确定性k-means聚类方案获得的结构中位数。成对路径不相似度通过使用这些代表性集合之间的加权平均豪斯多夫距离来计算，有效地捕捉了平均最近邻结构偏差，同时降低了对异常值的敏感性。对所得不相似度矩阵进行层次凝聚聚类以定义路径家族。我们评估了PRISM在三个复杂度递增的生物分子转变上的表现：丙氨酸二肽C7 eq → C7 ax异构化、腺苷酸激酶开放以及HIF-2α PAS-B配体解离。PRISM始终产生稳健的聚类分配，中位数忠实地代表了不同的构象状态。通过结合基于状态的描述和稳健的几何不相似度，PRISM提供了一个可扩展的框架来组织复杂转变路径。

此内容仅可通过PDF获取。

在新窗口中打开 PDF 《通过内在结构中位数的路径表示（PRISM）：一种聚类分子路径的结构映射方法》

? 2026 作者。由皇家化学学会出版

2026

作者

本文在知识共享署名4.0国际许可协议下获得许可。您可以将本文的材料用于其他出版物中，而无需向RSC申请进一步的许可，前提是给予正确的致谢。

本作品在 知识共享署名4.0国际许可协议 下获得许可。