分化过程中Zfp608位点染色质重编程的顺式调控层次与支架元件双功能机制

《Nature Communications》：A scaffolding element rewires local 3D chromatin architecture during differentiation

　　摘要在分化过程中，染色质和转录重新连接以反映新的细胞身份。然而，驱动这些变化的因素及其相互关系仍不清楚。在此，我们利用小鼠ESC到NPC的分化研究Zfp608大位点（3 Mb）处的重编程。这个大的染色质域在Zfp608启动子处一分为二，局部染色质被激活标记覆盖，在三维空间中压缩，Zfp608转录被诱导。我们结合捕获Hi-C（cHi-C）、生物物理建模和3色3D-FISH研究驱动此过程的顺式和反式元件。我们发现转录既调节局部染色质接触，也调节域分裂处的绝缘性，并鉴定出一个具有双重增强子/架构功能的遗传元件，对于染色质重编程和环形成至关重要，即支架元件。总之，这些结果表明顺式遗传元件的层次结构允许分化期间成功重编程，而多个反式作用元件有助于使此重编程更高效。