基于整合RNA-seq荟萃分析鉴定菌核病菌与油料十字花科作物互作中的效应蛋白候选分子及构建互作数据库BScPDb

《Scientific Reports》：Integrated transcriptomic reanalysis and effector profiling of the Sclerotinia sclerotiorum-Brassica pathosystem

　　

摘要

Sclerotinia sclerotiorum是一种毁灭性的坏死型病原菌，在全球范围内导致油用十字花科作物产量严重损失。理解病原菌致病机制和宿主-病原菌互作对于识别疾病反应的关键分子决定因素至关重要。在本研究中，我们对五个公开可用的RNA-seq数据集进行了整合荟萃分析，包括三个宿主转录组数据集和两个病原菌转录组数据集，以研究*S. sclerotiorum*感染相关的分子反应和效应蛋白候选分子。效应蛋白预测分析在两个病原菌数据集中识别出1110个上调和1114个下调的差异表达效应蛋白候选分子。其中，每个病原菌数据集中有17个被鉴定为核心效应蛋白候选分子，代表与宿主感染相关的潜在分子特征。功能富集分析表明，这些候选效应蛋白与感染相关过程有关，包括细胞壁降解、氧化应激反应、代谢调控和信号转导。此外，我们开发了BScPDb，这是一个用户友好的数据库，包含宿主差异表达基因和病原菌效应蛋白候选分子的整理信息。本研究为理解*S. sclerotiorum*与十字花科作物的互作提供了全面的分子资源，并为优先筛选候选基因和效应蛋白以用于未来的功能验证和利用提供了基础。