综述：疫苗接种后SARS-CoV-2感染中RT-PCR与下一代测序的互补诊断与监测策略

《Vaccines》：Complementary Roles of RT-PCR and Next-Generation Sequencing in Post-Vaccination SARS-CoV-2 Infection: Clinical Diagnosis, Genomic Characterization, and Surveillance

　　**摘要**疫苗接种后仍可能发生SARS-CoV-2感染，这依然是一项临床与公共卫生挑战，因为对感染的保护力可能随疫苗接种后的时间、宿主因素、既往感染史以及病毒的持续演化而有所变化。尽管疫苗接种可显著降低重症COVID-19的风险，但疫苗接种后的感染仍然可能发生，且可表现为轻症、非典型或无症状。本叙述性综述探讨了逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）与下一代测序（NGS）在疫苗接种后SARS-CoV-2感染的诊断、基因组特征分析和监测中的互补作用。RT-PCR仍是确认急性感染的一线方法，因其检测速度快、可及性广且具有临床可操作性，但其临床性能取决于恰当的标本采集与采样时机。NGS通过提供病毒基因组特征分析来补充RT-PCR，包括谱系分型、突变检测、疑似传播链的调查以及人群水平的监测。测序在特定情况下可提供额外价值，尤其是在疑似再感染、选择性免疫受损患者的持续感染、暴发事件调查以及代表性或事件触发的基因组监测中。因此，测序的使用应由预设的临床、流行病学或监测目标来指导，而非常规应用于所有疫苗接种后的感染病例。将一线RT-PCR检测与以目标为导向的测序相结合的综合策略，能够在保持诊断效率的同时，在最有可能影响患者层面调查、感染控制评估或公共卫生监测时提供基因组信息。