《Diagnostics》：Tree-Based Machine Learning for Diagnostic Classification of Dengue Fever Using Routine Hematological Parameters: A Secondary Analysis of a Publicly Available Dataset
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背景/目的：标准遗传性乳腺癌基因检测panel无法在一些符合遗传性乳腺癌和卵巢癌(HBOC)标准的患者中鉴定出致病变异。这项探索性、产生假说(hypothesis-generating)的研究旨在表征标准panel结果阴性的乳腺癌患者中MCPH1、功能相关的D
背景/目的：标准遗传性乳腺癌基因检测panel无法在一些符合遗传性乳腺癌和卵巢癌(HBOC)标准的患者中鉴定出致病变异。这项探索性、产生假说(hypothesis-generating)的研究旨在表征标准panel结果阴性的乳腺癌患者中MCPH1、功能相关的DNA损伤应答基因以及若干低证据候选基因的胚系变异。方法：共185例符合美国国家综合癌症网络(NCCN)与美国医学遗传学和基因组学学会(ACMG)标准、42基因panel及BRCA1/2/PALB2多重连接探针扩增(MLPA)结果正常的患者接受了二线靶向测序。第1组包括MCPH1及相关基因(TP53BP1、MDC1、TOPBP1、UBE2N、RAD52)；第2组由Genomics England PanelApp候选基因(ATRIP、ESR1、PPM1D、RAD54L、RRAS2、XRCC2)组成。没有种族匹配的对照队列。变异按照2015年ACMG指南分类，并经Sanger测序验证。结果：在20/185例患者(10.8%)中鉴定出符合报告标准的罕见变异：1个可能致病性(LP)MCPH1移码缺失(c.1869_1870del)，见于1例管腔B型浸润性导管癌患者；19个意义未明变异(VUS)；以及1个未经验证的拷贝数变异(CNV)。ATRIP是第2组中最常涉及的基因(4例患者)，其中包括1个纯合变异；RAD54L变异在3例患者中检出，包括唯一的男性乳腺癌病例。结论：这些描述性结果将MCPH1、ATRIP、MDC1、TOPBP1和RAD54L列为候选基因，在考虑纳入检测panel之前，需要在种族匹配队列的病例对照研究、功能验证和家系共分离分析中加以评估。
遗传性乳腺癌和卵巢癌(HBOC)是重要的临床问题，乳腺癌是全球女性最常见的恶性肿瘤。约五分之一的家族性HBOC由BRCA1/BRCA2致病变异解释，但一部分符合HBOC临床标准的患者在标准基因检测后仍无法获得明确遗传学病因。临床基因panel的组成越来越依赖ClinGen等标准化证据框架，许多仅有机制数据或个案报道支持的基因处于低证据等级，因此未纳入常规panel。土耳其人群在国际参考数据库中的代表性不足，可能携带稀有或人群特异性等位基因。研究人员在中心遇到1例携带MCPH1致病变异的乳腺癌患者，而人类病例层面数据十分缺乏，因此设计了这项探索性、产生假说的研究，对标准检测未解决的乳腺癌患者进行MCPH1、功能相关DNA损伤应答基因及低证据候选基因的二线分析。
研究对象为2026年2月至5月间514例疑似遗传性乳腺癌患者及其高危亲属；其中185例符合NCCN/ACMG临床标准、确诊乳腺癌，且一线42基因panel和BRCA1/2/PALB2 MLPA检测未发现致病变异的患者进入二线分析。该队列主要来自土耳其爱琴海地区，以女性为主，含2例男性乳腺癌。研究人员采用二线靶向测序策略：第1组基因包括MCPH1及其功能相关基因TP53BP1、MDC1、TOPBP1、UBE2N、RAD52，基于GenesLikeMe相似性评分筛选；第2组为Genomics England PanelApp家族性乳腺癌列表中的低证据候选基因ATRIP、ESR1、PPM1D、RAD54L、RRAS2、XRCC2。研究未设置种族匹配的对照队列。最终在20/185例患者(10.8%)中检出21个罕见变异：1个可能致病性(LP)MCPH1移码缺失，19个意义未明变异(VUS)，1个未经验证的拷贝数变异(CNV)。
主要关键技术方法包括：一是二线检测策略，即一线42基因panel加BRCA1/2/PALB2 MLPA，仅对未解决病例进行候选基因靶向测序；二是候选基因选择，利用GenesLikeMe在线工具基于蛋白结构域、通路、表型等相似性评分确定第1组，从Genomics England PanelApp家族性乳腺癌列表(1.28版)确定第2组；三是NGS生物信息分析，使用GRCh38参考基因组比对、Genomize SEQ Platform v9.6.0进行变异检出，IGV人工审核，平均测序深度150×，过滤低深度、同义及内含子区域变异；四是变异分类，依据2015年ACMG/AMP指南，整合ClinVar、HGMD、gnomAD、VarSome、Franklin及本地数据库；五是正交验证，20个序列变异全部经Sanger测序验证，一致性100%，CNV未用独立方法确认。
研究结果如下。3.1 患者特征与检测流程：185例患者中183例为女性，2例为男性；平均诊断年龄51.2岁，47.0%在50岁前确诊；76.8%有任意类型肿瘤家族史，41.6%有乳腺癌家族史；双侧乳腺癌至少占2.7%；分子分型信息仅在半数患者中可获取。3.2 总变异检出率：20/185例(10.8%)检出符合报告标准的罕见变异，其中仅MCPH1 c.1869_1870del为可能致病性，对应真正临床诊断率为0.5%；其余为19个VUS和1个未确认CNV；UBE2N、RRAS2、XRCC2中未检出任何变异。3.3 第1组基因：MCPH1及相关基因变异见于11/185例(5.9%)。MCPH1有6个变异，其中c.1869_1870del(p.Cys624Ter)为可能致病性，见于1例49岁管腔B型浸润性导管癌患者；另5个MCPH1变异为VUS。MDC1有2个VUS，其中1例为38岁三阴性乳腺癌患者；TP53BP1有1个框内缺失，但人群等位基因频率较高；TOPBP1有1个罕见VUS；RAD52有1个无义变异，人群频率较高，可能为常见多态性。3.4 第2组基因：候选基因变异见于9/185例(4.9%)。ATRIP是检出最多的基因，共4个VUS，其中包括1个纯合变异并见于33岁患者；RAD54L有3个变异，包括1个罕见错义变异，出现在唯一男性乳腺癌患者中，另有1个外显子12重复CNV，未经独立方法确认；ESR1有2个VUS；PPM1D有1个VUS；RRAS2和XRCC2未见变异。
讨论指出，由于缺少种族匹配对照队列，10.8%的检出率不能与文献中致病/可能致病变异检出率直接等同；本组变异以VUS为主，符合候选基因研究的一般特征。最值得关注的发现是MCPH1移码缺失；ATRIP纯合变异、RAD54L男性乳腺癌相关变异及两个剪接区变异被列为优先随访对象。局限性包括无对照队列、未进行家系共分离和肿瘤组织杂合性缺失(LOH)分析、未进行RNA水平分析、靶向测序仅覆盖外显子及其侧翼区域、CNV未验证、分子分型资料不全以及样本量有限。研究结论为：在185例标准检测未解决的乳腺癌患者中，二线分析检出了10.8%的罕见变异，但仅0.5%为可能致病性，因此MCPH1、ATRIP、MDC1、TOPBP1和RAD54L仍属研究候选基因；在考虑纳入临床panel前，需进行种族匹配的病例对照研究、正式负担检验、家系共分离分析及功能验证。VUS不具有临床可操作性，不应用于未患病亲属的预测性检测，但应系统记录并按约两年间隔重新评估，尤其在土耳其人群中存在较高的再分类率。
