《International Journal of Molecular Sciences》：Integrated Transcriptomic Analysis Identifies a Candidate INHBA/Activin A-Associated Macrophage–MuSC Communication Axis in Human Skeletal Muscle Ageing
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研究人员整合了批量RNA测序（bulk RNA-sequencing）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）以及一项独立老年人队列分析，以刻画人类骨骼肌中与年龄相关的变化，并鉴定候选巨噬细胞–肌肉干细胞（muscle stem cell, MuSC）信号相互
研究人员整合了批量RNA测序（bulk RNA-sequencing）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）以及一项独立老年人队列分析，以刻画人类骨骼肌中与年龄相关的变化，并鉴定候选巨噬细胞–肌肉干细胞（muscle stem cell, MuSC）信号相互作用。批量转录组分析显示，衰老肌肉中炎症激活、线粒体及代谢程序降低，以及巨噬细胞相关特征增加。单细胞分析解析了不同的髓系细胞和MuSC状态。在衰老髓系群体中，炎性巨噬细胞表现出最高的SenMayo评分，而供体水平伪bulk分析确定了年龄相关的早期启动MuSC（early-primed MuSC, epMuSC）重塑，涉及炎症、干扰素相关及细胞外基质相关程序。配体–靶点建模将抑制素βA亚基（inhibin subunit beta A, INHBA）/激活素A（Activin A）列为连接炎性巨噬细胞与衰老epMuSC程序的候选信号。这一预测得到一项独立老年人人类肌肉scRNA-seq队列的支持，该队列显示炎性巨噬细胞中INHBA表达与epMuSC中激活素受体表达一致。在原代人MuSC中，Activin A诱导Activin响应基因并抑制生肌调控因子，而这些效应被SB431542（一种ALK4/5/7信号小分子抑制剂）减弱。综上，这些发现支持衰老人类肌肉中炎性巨噬细胞与epMuSC重塑之间一个候选的、细胞状态分辨的INHBA相关通讯框架，为免疫重塑与再生细胞状态改变之间提供了潜在联系。
骨骼肌衰老伴随肌量、力量和再生能力进行性下降，并与线粒体功能障碍、慢性炎症、细胞外基质重塑及修复缺陷有关。肌肉干细胞（muscle stem cell, MuSC）维持肌肉稳态并修复受损纤维，衰老不仅影响MuSC内在功能，也改变其所在的免疫、基质、血管和再生微环境。巨噬细胞通过功能状态转换和旁分泌信号调节肌肉修复，但年龄相关的免疫改变如何与人类特定MuSC状态相对应，尤其是Activin相关信号的局部细胞来源，此前尚不明确。研究人员整合批量RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、供体水平伪bulk（pseudobulk）分析、配体–靶点建模和独立老年队列，旨在鉴定衰老骨骼肌中巨噬细胞与MuSC之间的候选通讯信号。
研究人员利用发现队列和独立验证队列开展分析，主要结论是：衰老骨骼肌存在炎症激活和代谢下降的协同重塑；炎性巨噬细胞和早期启动态MuSC（early-primed MuSC, epMuSC）是衰老相关的关键细胞状态；INHBA/Activin A被候选为连接炎性巨噬细胞与epMuSC重塑的信号分子；原代人MuSC对Activin A具有功能性反应，且该反应可被SB431542部分削弱。这些发现支持衰老肌肉再生衰退不仅是MuSC内在功能障碍，还涉及免疫细胞状态与再生状态之间的通讯紊乱，为理解免疫重塑与再生细胞状态改变之间的联系提供了新框架。
关键技术方法包括：批量RNA-seq差异表达分析、基因本体/基因集富集分析和GSVA；CIBERSORT免疫浸润估计；scRNA-seq质控、Harmony批次整合和细胞亚群再聚类；供体水平伪bulk差异分析；NicheNet配体–靶点建模；独立老年队列验证；THP-1巨噬细胞极化后的RT-qPCR和ELISA；原代人MuSC的Activin A及SB431542处理结合RT-qPCR和免疫荧光。队列来源：发现队列包括GSE167186批量转录组（19名年轻、29名老年）和人类骨骼肌衰老图谱单细胞组分（41,261个年轻细胞、49,641个老年细胞）；验证队列为GSE143704（18,320个细胞，9名54–81岁供体）。
研究结果显示：
2.1 衰老与人骨骼肌炎症和代谢转录组重塑相关
批量转录组分析显示老年肌肉整体转录谱发生年龄相关偏移；上调基因富集于炎症/免疫、细胞应激和细胞外基质重塑，下调基因富集于线粒体和能量代谢；标志性基因集分析显示炎症和应激程序增强、氧化磷酸化等代谢程序减弱。
2.2 衰老重塑骨骼肌免疫微环境并增加巨噬细胞相关特征
CIBERSORT估计显示老年肌肉总巨噬细胞比例显著升高，但M0/M1/M2巨噬细胞亚型无显著差异；基因集变异分析显示细胞周期和应激相关程序增强，糖酵解、脂肪生成和氧化磷酸化降低。
2.3 单细胞转录组定义人类骨骼肌细胞异质性与衰老相关改变
对90,902个细胞进行无监督聚类，注释出纤维-脂肪祖细胞（fibro-adipogenic progenitors, FAPs）、内皮细胞、髓系细胞、淋巴细胞、肥大细胞、周细胞、施万细胞、平滑肌细胞、MuSC及肌纤维片段；供体水平分析显示老年供体MuSC比例显著降低。
2.4 炎性巨噬细胞呈现衰老相关转录状态，
