基于环境 DNA 宏条形码技术评估的热带河口多类后生动物多样性及群落组成：印度尼西亚南苏门答腊的基线数据集

《Aquatic Sciences》：Multi-class metazoan diversity and community composition in tropical estuaries assessed by eDNA metabarcoding: a baseline dataset from South Sumatra, Indonesia

　　

摘要

本研究采用环境 DNA (eDNA) 宏条形码分析技术，研究了印度尼西亚南苏门答腊四个主要河流河口（森比朗、巴纽亚辛、穆西和艾尔萨莱克）动物群落组成和多样性及其与水质量参数的关系。从每个河口采集三重复表层水样（各 1 升），共获得 12 个样本。研究于 2025 年 9 月进行，使用 mlCOIintF/jgHCO2198 引物扩增线粒体细胞色素 c 氧化酶亚基 1 (COI) 基因，并通过牛津纳米孔进行测序。总共获得 26,300 条质量过滤后的序列读数，涵盖八个分类纲：软甲纲 (54.4%)、真骨鱼纲 (27.2%)、双壳纲 (10.9%) 和铠甲纲 (7.2%)，其余贡献来自钵水母纲、软骨鱼纲、剑尾纲和水螅纲，这些纲的贡献均低于 1% 或未能在纲级别被识别。巴纽亚辛的读数丰度最高，由口足目 Odontodactylus cultrifer 极度主导，且多样性极低（香农 H′ = 1.35）。相反，艾尔萨莱克的群落最为均衡（H′ = 3.18），且具有最高的物种丰富度（S = 58）。置换多元方差分析 (PERMANOVA) 显示站点之间存在显著差异（伪 F = 3.24, p = 0.002），基于布雷 - 柯蒂斯距离的主坐标分析 (PCoA) 分别解释了 48.3% 和 32.5% 的方差。皮尔逊相关性表明，辛普森优势度与溶解氧 (r = ?0.99) 和盐度 (r = ?0.88) 呈强负相关。该数据集作为热带河口生态系统当地生物监测和保护规划的可重复基线，通过 eDNA 捕捉广泛生物多样性的能力，远超鱼类范畴，确定了优先区域（例如艾尔萨莱克作为高多样性避难所，巴纽亚辛作为需要恢复干预措施的受压力站点）。