《Journal of Proteomics》：Benchmarking of plasma proteomics workflows reveals complementarity of deep MS and affinity-based assays
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•Seer与Orbitrap Astral联用实现血浆蛋白质组深度覆盖。将Seer Proteograph XT平台与Orbitrap Astral质谱仪联用，可鉴定多达6003种血浆蛋白质，覆盖人类血浆蛋白质组目录（HPPP）约70%。这一深度得益于基于纳米颗粒的蛋白质冠富
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Seer与Orbitrap Astral联用实现血浆蛋白质组深度覆盖。将Seer Proteograph XT平台与Orbitrap Astral质谱仪联用，可鉴定多达6003种血浆蛋白质，覆盖人类血浆蛋白质组目录（HPPP）约70%。这一深度得益于基于纳米颗粒的蛋白质冠富集策略，以及Astral分析器的高速高灵敏采集能力。
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质谱与基于亲和力的平台之间具有互补性。基于质谱的方法与Olink平台所捕获的血浆蛋白质组成分在很大程度上互不重叠。Olink Reveal能稳健地定量其1034个经过严格筛选的目标蛋白，包括低丰度细胞因子和信号分子，但这些目标中约有一半在任何质谱工作流程中均未被检测到。这些结果表明，在临床研究中实现全面的血浆蛋白质组分析，需要采用多平台策略。
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每日48个样品（SPD）在通量与深度之间实现了最佳平衡。与预期相反，将液相色谱梯度从每日48个样品延长至每日12个样品，对大多数评估工作流程而言并未显著提高蛋白质鉴定数量，甚至降低了TOP14、PCA-N和Seer的检测深度与重复性。在我们的实验条件下，每日48个样品的通量在通量与灵敏度之间提供了最优平衡，但仍需在更多异质性队列中进一步验证。
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与衰老相关的蛋白质回收效果反映了富集方法与面板设计的差异。Seer和Olink Reveal分别鉴定出最多与衰老相关的差异表达蛋白（分别为293种和267种），并最全面地捕获了经典衰老通路，包括免疫调节、补体激活和细胞外基质组织。两个显著蛋白列表之间的有限重叠，以及它们在变化倍数方向上的一致性，反映的是统计效力和面板范围上的差异，而非相互对立的生物学效应，这支持将两个数据集整合用于功能分析。
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单一工作流程无法全面刻画血浆蛋白质组。方法的选择应依据具体的研究目标来决定（例如，发现深度与靶向重复性之间的权衡、成本或通量）。尽管Orbitrap Astral带来了质的飞跃，但血浆基质的动态范围挑战仍然存在，仍需要整合多平台方法，以确保获得可靠的生物学见解。
Jean-Marc Monneuse|Hayat Hage|Célie Da Silva|Mallory Poncelet|Benoit Levast|Karen Louis|Sangeetha Covindarassou|Thomas Ribette|Joséphine Abi Ghanem|Magali Sarafian|Adrien Saliou
