刺突病毒感染与蝙蝠肠道微生物组重构及饮食组成关联研究

《Animal Microbiome》：Sarbecovirus-associated gut microbiome heterogeneity in a natural bat reservoir

　　<摘要>刺突病毒是β冠状病毒的一个亚属，具有呼吸道和胃肠道的嗜性，提示其可能与宿主的肠道微生物群落存在相互作用。然而，对于蝙蝠等野生冠状病毒宿主中的感染生态学特征，目前仍知之甚少。我们研究了柬埔寨东北部栖息的大黄菊蝠（Rhinolophus shameli）中刺突病毒感染状态、肠道微生物组结构和饮食组成之间的关联。对2023至2024年干湿两季收集的粪便样本进行了全长16S rRNA基因测序和节肢动物DNA宏条形码分析。刺突病毒阳性蝙蝠表现出相当的α多样性，但其肠道菌群组成发生了一致性偏移，个体间变异性增加，这与安娜·卡列尼娜原则相一致，表明感染导致的是群落组装的不稳定性而非多样性丧失。感染状态与志贺氏菌和大肠杆菌属的富集相关，这些类群在蝙蝠中与炎症或上皮应激状态有关。相比之下，饮食组成并未因感染状态而出现一致性的组成结构变化，且与细菌群落结构之间耦合较弱，提示饮食不太可能是感染相关微生物组信号的潜在驱动因素。尽管无法推断因果关系方向，我们的结果揭示了在自然宿主宿主中，刺突病毒检测与可测量且一致的微生物组重构相关，并突出了微生物组分析在监测野生动物疾病过程中的潜力。