摘要
恶性外周神经鞘瘤（MPNST）是与1型神经纤维瘤病相关的癌症中超额死亡率最高的，通常由神经纤维瘤发展而来。我们提出以下问题：区分MPNST与神经纤维瘤的转录组差异能否在独立队列中得到重现？以及由此衍生出的紧凑评分是否具有跨平台可迁移性？我们对五个公开的发现队列（包括113例MPNST和79例神经纤维瘤，涵盖3个平台）进行了荟萃分析，并预留了第六个独立生成的队列。神经纤维瘤与MPNST组织在1489个基因上表现出差异，呈现两个对立主题：有丝分裂机制上调（TOP2A、EZH2、AURKA）以及施万细胞身份丧失（转录因子SOX10和EGR2，以及髓鞘基因PMP2和MPZ）。这些差异具有可重复性。在五个队列中均有检测到的显著基因中，几乎所有基因在所有人中变化方向一致，而在预留队列中可检测到的基因中，有93.3%方向一致。采用留一队列法重新推导该分析流程，在五个折叠中平均AUC为0.90（每个折叠AUC为0.84至0.97）。CD276（B7-H3）呈选择性上调，而CD274和PDCD1LG2则未见此现象。髓鞘标志物PMP2——一项在得知预留结果后回顾性选定的读数——在该队列中可将MPNST与神经纤维瘤区分开来，但未能将非典型与典型神经纤维瘤区分（AUC 0.67，p?=?0.10）。在不包含生存数据的发现队列基础上衍生出的程序评分，与该队列中较短的生存期相关，这是一项探索性的单队列关联分析。由于紧凑评分的组成随平台和预处理方法而异，因此不宜采用固定的单样本分类器。
利益冲突
作者声明不存在利益冲突。
数据可用性声明
所有原始数据均已公开于GEO数据库，登录号为GSE241224 [29]、GSE14038 [48]、GSE212964 [49]、GSE178989 [50]和GSE145064 [51]（发现队列）、GSE207400（预留队列）[30]以及GSE207399（单细胞核）[30]。MPNST生存数据及临床协变量来源于2023年eBioMedicine的补充材料表格[29]。衍生结果表格以表S1–S15提供，完整数据集连同分析代码已存档于https://doi.org/10.5281/zenodo.22136047。
