《Cells》：Germline Genomic and DNA Methylation Differences Between MGUS and Multiple Myeloma Among Patients of African Ancestry
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非洲裔(AA)个体患多发性骨髓瘤(MM)的风险约为欧洲裔个体的两倍，然而意义未明的单克隆丙种球蛋白病(MGUS)与MM之间的分子决定因素仍不明确。研究人员对28例AA MM患者和28例频率匹配的无记录进展的AA MGUS患者进行了全外显子组测序(WES)和全基
非洲裔(AA)个体患多发性骨髓瘤(MM)的风险约为欧洲裔个体的两倍，然而意义未明的单克隆丙种球蛋白病(MGUS)与MM之间的分子决定因素仍不明确。研究人员对28例AA MM患者和28例频率匹配的无记录进展的AA MGUS患者进行了全外显子组测序(WES)和全基因组DNA甲基化谱分析。质量控制后，WES分析纳入28例MGUS患者和27例MM患者，而DNA甲基化分析纳入27例MGUS患者和26例MM患者。全外显子组测序识别出观察到的种系变异分布差异，在本队列中，符合要求的COL19A1变异仅见于MGUS，符合要求的VWA5B2变异仅见于MM。基因负担分析识别出LAMA5和PIEZO1中的名义探索性信号，尽管两者在Bonferroni校正后均不显著。DNA甲基化谱分析识别出MM与MGUS之间的703个差异甲基化位置和122个探索性候选差异甲基化区域。一个涵盖RNF39内16个CpG位点的395 bp区域达到FWER显著性阈值。探索性通路分析提示致癌信号、细胞应激反应和细胞死亡通路。尽管表观遗传年龄加速在两组间无差异，但MM中观察到低于MGUS的DNA甲基化(DNAm)估计端粒长度；然而，在调整DNAm估计的血细胞组成后，该差异处于临界水平。总之，这些探索性发现确定了AA患者中MM与MGUS相关的种系和表观遗传特征，并提名了供更大规模纵向研究验证的生物学通路。
多发性骨髓瘤(MM)是一种无法治愈的浆细胞恶性肿瘤，非洲裔(AA)个体的终生发病风险约为欧洲裔(EA)个体的两倍，其前驱病变意义未明的单克隆丙种球蛋白病(MGUS)在AA个体中也更常见。尽管全基因组关联研究已识别出35个MM易感位点，但绝大多数研究基于EA人群，AA个体的遗传贡献仍未充分明确。既往研究提示，种系遗传变异可能区分MM与MGUS，且AA个体具有更大的基因组异质性，罕见编码变异可能在疾病易感性中起重要作用。此外，从MGUS到MM的进展伴随表观遗传失调，但针对AA患者的血液DNA甲基化差异尚缺乏数据。因此，研究人员对AA患者中MM与未进展MGUS的种系基因组和DNA甲基化特征进行了探索性比较。
研究人员对28例AA MM患者和28例频率匹配（年龄±5岁、性别、免疫球蛋白亚型）的AA MGUS患者（至少5年随访无进展，中位随访11.7年）进行了全外显子组测序(WES)和全基因组DNA甲基化芯片分析。质量控制后，遗传分析纳入55例，甲基化分析纳入53例。研究鉴定了与MM或MGUS相关的种系变异、差异甲基化位点/区域，并评估了表观遗传年龄加速和DNA甲基化估计的端粒长度。结果显示，WES发现MGUS组中COL19A1变异仅见于MGUS，VWA5B2变异仅见于MM；基因负担分析提示LAMA5和PIEZO1为候选信号，但未通过多重校正。甲基化分析发现703个差异甲基化位置和RNF39基因区域的显著差异甲基化。表观遗传年龄加速无组间差异，而DNAm端粒长度在MM中较低，但调整血细胞组成后为边缘性。这些发现为AA人群MM与MGUS的分子差异提供了初步证据，需在更大纵向队列中验证。
主要技术方法：研究样本来自美国威斯康星医学院，所有参与者为黑人且遗传推断为非洲裔。全外显子组测序基于Illumina DNA Prep with Enrichment试剂盒和NovaSeq 6000平台（2×150 bp，平均目标覆盖度100×），经质量控制后，变异过滤使用gnomAD等位基因频率≤1%，并通过Ensembl Variant Effect Predictor进行功能注释，保留预测有害变异（蛋白截短变异、SIFT≤0.05、PolyPhen-2>0.446或CharGer致病变异）。DNA甲基化使用Illumina Infinium HumanMethylationEPIC v2.0 BeadChip，批次效应通过ComBat处理。差异甲基化位置采用q≤0.05和|Δβ|≥0.1；差异甲基化区域采用bumphunter，以FWER≤0.05为显著。表观遗传年龄和DNAm端粒长度通过DNAm Age Calculator和DNAmTL估计。统计方法包括单变异分析、基因负担分析、通路分析等。
全外显子组测序识别种系变异差异：在仅观察于一个组的基因中，MGUS组最常见COL19A1（8个变异），MM组最常见VWA5B2（8个变异）。这些为描述性观察，因样本量小，不表示生物学特异性。
基因负担分析与通路富集：对共享基因的负担分析显示，LAMA5（OR=0.32，p=2.5×10
?3）和PIEZO1（OR=7.26，p=4.4×10
?3）与MM存在名义关联，但Bonferroni校正后不显著。基因集富集分析提示PDGF信号、嗜碱性粒细胞免疫程序和早期应激/增殖通路在MM富集，树突状细胞免疫应答特征在MGUS富集。
DNA甲基化差异位点：鉴定出703个DMP，其中537个低甲基化、166个高甲基化于MM；多位于内含子区。通路分析提示KIT/FLT3生长因子信号、VEGF血管生成、FOXO氧化应激、核糖核苷酸还原酶信号以及TP53/BRCA1/MDM4信号等富集，上游调控子推断涉及地塞米松、ERBB2、β-雌二醇、TGFB1和FGF2。
差异甲基化区域：RNF39区域的一个395 bp片段（含16个CpG位点）达到FWER显著性（FWER=0.008，区域FWER=0.029），MM中甲基化水平较MGUS高15.6个百分点。RNF39编码RING型E3泛素连接酶，参与蛋白泛素化和固有免疫信号；该位点在MM中尚未见报道。另有122个候选DMR（FWER<1，p.valueArea≤0.025）用于生成假设，其相关基因富集p53信号、焦亡和内在凋亡通路，并推断出EP300为中心的调控网络。
表观遗传年龄与端粒长度：Horvath表观遗传年龄与实际年龄显著相关；两组年化衰老速率相似（0.85对0.88岁/年，p=0.89），表观遗传年龄加速(EAA)无组间差异（p=0.83）。DNAmTL随年龄下降，年龄-组交互不显著。未调整协变量时，年龄调整后的DNA
