孟加拉国圣马丁岛盐碱沿海西瓜根际土壤中金葡萄球菌属黄瓜金葡萄球菌WMS2菌株的草图基因组序列

《Microbiology Resource Announcements》：Draft genome sequence of Chryseobacterium cucumeris WMS2 isolated from the rhizosphere soil of watermelon (Citrullus lanatus) in Bangladesh

　　

摘要

我们报道了从孟加拉国圣马丁岛西瓜盐渍根际土壤中提取的Chryseobacterium cucumeris菌株WMS2的草图基因组序列。该基因组组装大小为5,264,214 bp，GC含量为36.5%，包含4,853个蛋白质编码基因。

公告

与盐碱沿海生态系统中植物根际相关的微生物在养分循环和环境适应中发挥着重要作用（1，2）。Chryseobacterium属的成员广泛存在于土壤和水生环境中（3），以其代谢多样性著称（4）。然而，来自盐碱沿海农业环境的菌株的基因组水平表征仍然有限。

2026年1月，从孟加拉国圣马丁岛（北纬20.6236°，东经92.3227°）盐碱沿海农业用地中一株健康西瓜（Citrullus lanatus）植株根部附着的土壤中直接采集根际土壤，从中分离出菌株WMS2。将约1 g土壤悬浮于9 mL无菌盐水（0.85% NaCl）中并均质化。悬浮液进行10倍系列稀释，每个稀释度取30 μL铺板至营养琼脂（NA）平板（HiMedia，印度），于28°C培养48 h。挑取单菌落反复划线接种于新鲜NA平板，在初始分离的相同条件下28°C培养24–48 h，以确保培养物纯度。根据菌落形态选择纯化菌落，并通过反复划线划线进行保藏。最终纯培养物以25%（vol/vol）甘油在?80°C保存，供后续分析和为期2个月的基因组测序使用。提取基因组DNA时，用无菌接种环从NA平板上纯细菌培养的甘油储备中复苏单个菌落，接种至5 mL营养肉汤（HiMedia，印度）中，于28°C、200 rpm振荡过夜培养。按照制造商说明使用FavorPrep组织基因组DNA提取小试剂盒（FavorGen Biotech Corp.，台湾）提取基因组DNA。利用NanoDrop分光光度计（Thermo Fisher Scientific，美国）评估DNA的纯度和浓度。草图基因组测序由外部服务商（Macrogen，Inc.，韩国首尔）在Illumina MiSeq平台上完成（600周期运行）。使用Illumina Nextera XT试剂盒制备双端Illumina测序文库（2 × 250 bp）（5）。测序前使用荧光定量和片段大小分析评估文库质量和浓度。

共生成2,937万条双端reads，使用fastp v1.0.1过滤后保留2,892万条高质量reads（6）。使用SPAdes v3.15.5进行从头基因组组装（7）。使用CheckM v1.2.5估计基因组完整性和污染水平（8），对PGAP基因集应用Chryseobacterium CheckM标记集，结果显示完整性为99.4%，污染为3.19%。除另有说明外，所有软件均使用默认参数。基因组注释使用NCBI原核基因组注释流水线（v6.11）完成（9）。

该草图基因组组装包含284个contigs，总大小为5,264,214 bp，GC含量为36.5%，N50为497.6 kb，L50为5（表1）。基因组包含4,963个预测基因，其中4,853个蛋白质编码基因和83个RNA基因（75个tRNA、5个rRNA和3个ncRNA），以及27个假基因（表1）。NCBI分类学分析将该菌株鉴定为Chryseobacterium cucumeris，与模式菌株基因组的全基因组平均核苷酸一致性（ANI）为98.59%（GCA_001593385.1）。

表1

表1 Chryseobacterium cucumeris菌株WMS2的基因组特征

基因组特征	数值
组装方法	SPAdes v3.15.5
测序技术	Illumina MiSeq（2 × 250 bp）
估算覆盖度	~40×
contigs数量	284
基因组大小（bp）	5,264,214
GC含量（%）	36.5
contig N50	497.6 kb
L50	5
基因总数	4,963
蛋白质编码基因	4,853
CDS（总计）	4,880
RNA基因总数	83
rRNA基因	5（1个完整5S、1个完整16S、1个完整23S、2个部分16S）
tRNA基因	75
ncRNA基因	3
假基因	27
基因组完整性（%）	99.4
污染水平（%）	3.19
与模式菌株的ANI（%）	98.59
注释流水线	NCBI原核基因组注释流水线 v6.11

致谢

作者衷心感谢孟加拉国加济布尔农业大学研究管理处对本工作的部分支持。