基于长读长测序解析CD36缺乏症中含子(TG)n重复序列单倍型及其与疾病表型的关联

《BMC Immunology》：Long-read sequencing identifies single nucleotide variant patterns of (TG)n repeats linked to CD36 deficiency phenotypes

　　

摘要

背景

CD36在免疫调节、脂质转运和止血过程中发挥着独特的作用。在某些人群中已观察到CD36抗原缺乏症，但其潜在的遗传机制尚不清楚。传统测序方法在单倍型判定方面存在挑战，凸显了对长读长测序等先进技术的需求。

材料与方法

本研究收集了100份来自Ⅰ型和Ⅱ型CD36缺乏症患者及健康对照供体者的血液样本，并采用长读长测序技术分析了CD36基因的单倍型。

结果

所有单倍型在内含子3中均含有(TG)_n重复序列，重复次数为11–20次。这些重复序列与c.748?+?757 A?>?G位点下游的三种不同的单核苷酸变异模式（模式A、B和C）紧密连锁。值得注意的是，(TG)_n-B单倍型组合在Ⅰ型CD36缺乏症中占主导地位；相比之下，(TG)_n-C在Ⅱ型病例中显著占优。

结论

这些发现表明，内含子(TG)_n重复序列及其相关单倍型在CD36缺乏症的表现中发挥着调控作用，尤其是对于编码区缺乏已知突变的Ⅱ型缺乏症。本研究为CD36的非编码遗传架构提供了新的见解，并突出了长读长测序技术在解析复杂单倍型中的应用价值，从而对基于单核苷酸变异的传统分类方法提出了挑战。