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Anyone Can Dock：通过多界面与工程性改进降低分子对接使用门槛的免费在线平台
《Journal of Cheminformatics》：Anyone Can Dock: an online molecular docking tool for everyone
【字体： 大 中 小 】 时间：2026年09月24日 来源：Journal of Cheminformatics 7.9
编辑推荐：
摘要分子对接可预测小分子如何结合蛋白质靶点，但传统上执行对接计算需要安装软件、编写命令行脚本并手动进行分子准备。Anyone Can Dock 是一个可直接使用的在线平台，旨在通过四种互补的界面降低传统配体–蛋白质对接在技术与流程上的负担。第一，Streamlit 网页应用提
分子对接可预测小分子如何结合蛋白质靶点，但传统上执行对接计算需要安装软件、编写命令行脚本并手动进行分子准备。Anyone Can Dock 是一个可直接使用的在线平台，旨在通过四种互补的界面降低传统配体–蛋白质对接在技术与流程上的负担。第一，Streamlit 网页应用提供了一个简单的四步工作流程：用户输入蛋白质、指定目标配体、一键启动对接，并查看所得预测结果。第二，Google Colab 笔记本支持四种对接引擎——AutoDock Vina 1.2.7、VinaXB、GNINA 和 Vina-GPU——可用于批量虚拟筛选、教学以及方法开发。第三，Anyone Can Dock GPT 通过 ChatGPT 中的自然语言交互，提供对话式的流程指导与对接结果解读，并且通过 PyPI 也可获得命令行接口（CLI）版本。这些界面简化了若干常规但技术上重要的对接流程步骤，包括含金属结构的受体准备、使用 pKaNET Cloud+ 结合 Dimorphite-DL 进行初始微态枚举以完成 pH 感知的质子化状态分配、PDBQT 转换后化学一致的构象导出，以及当存在共结晶参考配体时的内置基于 RMSD 的重对接验证。该平台免费开放于 https://nyelidl.github.io/anyone-docking/。
科学贡献
Anyone Can Dock 针对无障碍分子对接中的三个实际障碍：在 PDBQT 转换过程中保留所选金属离子及含血红素活性位点的金属保持型受体准备；集成式的 pKaNET Cloud+ 工作流，用于 pH 感知的配体微态生成与选择；以及基于 SMILES 模板的结合构象键级重建，用于可视化及下游化学信息学处理。RDKit 用于标准化输入并处理盐类；当有可用的实验 pKa 信息时会一并纳入；随后 RDKit 会枚举并过滤互变异构体，再由 Dimorphite-DL 对每种接受的互变异构体执行初始 pH 依赖的微态枚举。之后 pKaNET Cloud+ 对候选态进行补充、评估、打分、排序，并选出最终用于对接的状态。上述各组件以准备与可用性特性的形式呈现，而非 Vina 打分或采样能力已被证实的改进。金属保留、pH 感知质子化与键级校正属于工程性改进，用以提升可用性、稳健性与可解释性；均未声称在对接打分或构象 RMSD 上取得可证实的改进。托管的 Streamlit/AutoDock Vina 界面无需注册；Google Colab 与可选的 Anyone Can Dock GPT 指导层则需要相应的第三方账户。为表意清晰，"免注册访问"特指托管的 Streamlit/AutoDock Vina 工作流。使用 Google Colab 取决于 Google 账户访问权限，Anyone Can Dock GPT 则取决于其所接入的外部对话式 AI 服务。
分子对接可预测小分子如何结合蛋白质靶点，但传统上执行对接计算需要安装软件、编写命令行脚本并手动进行分子准备。Anyone Can Dock 是一个可直接使用的在线平台，旨在通过四种互补的界面降低传统配体–蛋白质对接在技术与流程上的负担。第一，Streamlit 网页应用提供了一个简单的四步工作流程：用户输入蛋白质、指定目标配体、一键启动对接，并查看所得预测结果。第二，Google Colab 笔记本支持四种对接引擎——AutoDock Vina 1.2.7、VinaXB、GNINA 和 Vina-GPU——可用于批量虚拟筛选、教学以及方法开发。第三，Anyone Can Dock GPT 通过 ChatGPT 中的自然语言交互，提供对话式的流程指导与对接结果解读，并且通过 PyPI 也可获得命令行接口（CLI）版本。这些界面简化了若干常规但技术上重要的对接流程步骤，包括含金属结构的受体准备、使用 pKaNET Cloud+ 结合 Dimorphite-DL 进行初始微态枚举以完成 pH 感知的质子化状态分配、PDBQT 转换后化学一致的构象导出，以及当存在共结晶参考配体时的内置基于 RMSD 的重对接验证。该平台免费开放于 https://nyelidl.github.io/anyone-docking/。
科学贡献
Anyone Can Dock 针对无障碍分子对接中的三个实际障碍：在 PDBQT 转换过程中保留所选金属离子及含血红素活性位点的金属保持型受体准备；集成式的 pKaNET Cloud+ 工作流，用于 pH 感知的配体微态生成与选择；以及基于 SMILES 模板的结合构象键级重建，用于可视化及下游化学信息学处理。RDKit 用于标准化输入并处理盐类；当有可用的实验 pKa 信息时会一并纳入；随后 RDKit 会枚举并过滤互变异构体，再由 Dimorphite-DL 对每种接受的互变异构体执行初始 pH 依赖的微态枚举。之后 pKaNET Cloud+ 对候选态进行补充、评估、打分、排序，并选出最终用于对接的状态。上述各组件以准备与可用性特性的形式呈现，而非 Vina 打分或采样能力已被证实的改进。金属保留、pH 感知质子化与键级校正属于工程性改进，用以提升可用性、稳健性与可解释性；均未声称在对接打分或构象 RMSD 上取得可证实的改进。托管的 Streamlit/AutoDock Vina 界面无需注册；Google Colab 与可选的 Anyone Can Dock GPT 指导层则需要相应的第三方账户。为表意清晰，"免注册访问"特指托管的 Streamlit/AutoDock Vina 工作流。使用 Google Colab 取决于 Google 账户访问权限，Anyone Can Dock GPT 则取决于其所接入的外部对话式 AI 服务。
