ICU插管患者口腔、鼻腔与声门下部位金黄色葡萄球菌及耐药革兰氏阴性菌的微生物定植一致性研究

《Scientific Reports》：Clonal sharing of antimicrobial-resistant bacterial clones and homogenization of the microbiome in the oral, nasal, and endotracheal sites of intubated ICU patients

　　

摘要

重症监护室（ICU）收治的插管患者被耐药细菌定植往往导致严重感染。因此，评估患者多部位的耐药状态和菌群具有重要意义。为比较口腔或鼻腔与气管插管部位（声门下分泌物部位）的微生物组成，我们从61名ICU患者中分离了金黄色葡萄球菌（包括耐甲氧西林金黄色葡萄球菌[MRSA]）和第三代头孢菌素耐药的革兰氏阴性杆菌。对分离株进行了全基因组分析，并利用核心基因组SNP距离评估了不同部位之间的克隆一致性。利用16S rRNA基因分析考察了这些部位的微生物组成。金黄色葡萄球菌、MRSA和革兰氏阴性耐药菌分别被分离自57.4%、16.4%和18.0%的患者。在部分从多个部位分离出同一细菌种的患者中，分离株之间的SNP为0–9，提示个体内存在共享克隆或密切相关的谱系。基于UniFrac距离的PCoA微生物菌群分析显示，ICU患者三个不同部位的细菌群落密切相关。这些发现提示三个不同部位具有相似的定植情况。观察到三个不同部位具有相似定植情况这一发现，有望有助于未来ICU感染防控策略的制定。