易获取LC-MS平台下七种血浆蛋白制备方法的系统评估

《Clinical Proteomics》：Comprehensive evaluation of plasma proteomics platforms toward practical applications using accessible mass spectrometry instrumentation

　　

摘要

背景

血浆蛋白质组学是一种有前景的生物标志物发现方法，但血浆蛋白广泛的动态范围限制了低丰度蛋白的检测。目前已开发出蛋白去除和富集平台来应对这一挑战；然而，大多数先前的评估依赖于新一代质谱仪器。因此，平台的行为需要在更易获取的液相色谱-质谱（LC-MS）仪器中进行评估。

方法

使用易获取的LC-MS仪器对七种血浆制备平台进行了评估，并与最近的新一代质谱基准进行了比较。使用纯血浆、多亲和力去除系统Human 14、高氯酸沉淀中和法、ENRICH-iST、Mag-Net、Proteonano?和Proteograph XT处理了商业混合血浆样本。样本采用数据非依赖性采集模式进行分析。

结果

与纯血浆相比，蛋白去除和富集平台提高了蛋白质组覆盖率，纯血浆平均识别777种蛋白。蛋白去除平台平均识别1,278–1,468种蛋白，而富集平台识别了1,891–6,060种蛋白。Proteograph XT提供了最大的蛋白质组覆盖率，平均识别6,060种蛋白，并显示了最低的缺失值率1.9%。然而，更大的蛋白质组覆盖率并不总是与更好的定量精确度相关。平台的选择显著影响了丰度谱和临床相关蛋白的覆盖率。这些平台特异性差异重现了最近新一代质谱的结果。

结论

本研究的发现表明，更易获取的液相色谱-质谱设置可以有效地捕捉血浆制备平台之间的关键差异。本研究支持在通常没有新一代仪器的环境中更广泛地开展血浆蛋白质组学研究。