考拉逆转录病毒A的进化轨迹：起源、重组与地理屏障

《Genome Biology》：The trajectory of KoRV-A evolution suggests initial integration into the koala germline genome near Coffs Harbour in New South Wales

　　

摘要

背景

考拉逆转录病毒A是一种γ逆转录病毒，通过水平和垂直传播在野生考拉种群中扩散，显著影响了种群之间甚至种群内部的基因组多样性。此前的研究估计，考拉逆转录病毒A最初在约30万年前整合到考拉基因组中，但其确切起源及其内生化后的传播模式仍不清楚。

结果

在本研究中，我们利用来自405只野生考拉的全基因组测序数据，分析了考拉逆转录病毒A的生殖细胞插入，这些数据几乎涵盖了该物种的全部地理分布范围。我们的发现揭示了考拉逆转录病毒A的进化轨迹，表明其最初的内生化可能发生在考拉分布范围中部的维多利亚州中北部海岸科夫斯港附近。随着考拉逆转录病毒A的扩散，某些亚型出现并成为主流，其中两个亚型与一种古老的源逆转录病毒PhER发生了重组，导致南北方考拉种群中出现了不同的重组变异体。此外，我们确定了悉尼以北的一个地理屏障，这可能是减缓考拉逆转录病毒A向南扩散至悉尼及以南地区的因素。

结论

我们的研究提出了考拉逆转录病毒A的综合进化路径，很可能始于科夫斯港附近的初次内生化，并强调了塑造其分布及影响考拉种群的屏障和多样化事件。