CADD-ThresholdApp：一种辅助 CADD 评分阈值选择的交互式工具

《BMC Bioinformatics》：CADD-ThresholdApp: an interactive web application for calibrating CADD scores using ClinVar

　　

摘要

背景

联合注释依赖性缺失（CADD）评分是目前使用最广泛的全基因组范围变异有害性评分方法之一。然而，在实际应用中，不同基因和基因集的CADD评分分布存在差异，而且同一基因组的多个版本以及不同版本的CADD评分也可能存在差别，这给在常规诊断中选择单一阈值以优先处理潜在致病性变异带来了挑战。

结果

我们推出了CADD-ThresholdApp这款交互式网络应用程序，它通过可视化ClinVar中临床分类变异的CADD评分分布，并报告与阈值相关的性能指标来辅助阈值选择。该应用程序支持跨基因组版本（GRCh37/GRCh38）和CADD版本（v1.6/v1.7）进行比较，同时支持用户自定义的基因和基因列表，以及来自PanelApp的精选基因组。CADD-ThresholdApp采用模块化、可扩展的设计，能够适应其他变异资源及有害性评分标准。该应用可通过https://cadd-threshold.kircherlab.bihealth.org/作为托管网页应用程序使用，也可以通过容器、PyPI、Bioconda或源代码方式进行本地安装。

结论

总体而言，CADD-ThresholdApp为基于具体情境的阈值校准提供了一个实用且透明的框架，有助于在研究和诊断中更准确地解读变异信息。