lncRNA Seeker Hub：面向队列级别RNA-seq分析与lncRNA转录本手动重建的软件平台

《BMC Bioinformatics》：lncRNA Seeker Hub: cohort-level RNA-seq visualization and manual transcript reconstruction for weak lncRNA discovery

　　

摘要

背景

长链非编码RNA（lncRNAs）由于表达量低、覆盖度不均匀以及剪接复杂，在自动化转录本组装流程中经常被遗漏。这些局限性在单个RNA-seq样本中转录证据表现为局部覆盖稀疏和剪接连接支持有限时尤为显著，但经过队列级别的数据聚合后，转录信号便变得可重复且可解释。现有的基因组浏览器如IGV、JBrowse和UCSC基因组浏览器虽然提供可视化功能，但缺乏对队列级别数据聚合和手动转录本重建的集成支持。

结果

我们提出了lncRNA Seeker Hub，一个面向队列级别RNA-seq分析的软件平台，集成了定向BAM聚合、具有二进制缓存功能的高性能Rust后端以及基于Bokeh的交互式可视化界面。该系统支持对覆盖度、剪接连接和支持性reads的同步探索，并支持从聚合证据进行手动转录本重建。在MALAT1和PCA3位点的案例研究中，展示了检测候选的队列支持的转录结构和剪接图异质性，而这些结构使用自动化组装或单一样本可视化难以识别。在代表性基因上的基准测试表明，在广泛的读数深度范围内（包括极端局部覆盖度）具有可预测的延迟和内存扩展性能。

结论

lncRNA Seeker Hub提供了一个实用的队列级别RNA-seq探索和手动转录本验证框架，能够对现有工具难以捕获的微弱、分散的转录信号进行解释。