全基因组测序揭示术后胰腺脓肿中共分离碳青霉烯耐药准肺炎克雷伯菌亚种similipneumoniae与鲍曼不动杆菌的独特耐药基因架构

《BMC Microbiology》：Co-isolation of carbapenem-resistant Klebsiella quasipneumoniae subsp. similipneumoniae ST9811 and Acinetobacter baumannii ST2 from a postoperative pancreatic abscess: genomic and phenotypic characterization

　　

摘要

背景

术后胰腺脓肿可为碳青霉烯耐药病原体提供多种微生物共生的生态位，从而增加物种鉴定和耐药性解读的难度。本研究表征了从术后胰腺脓肿中共同分离出的碳青霉烯耐药准肺炎克雷伯菌（K. quasipneumoniae）亚种similipneumoniae和鲍曼不动杆菌（A. baumannii）。

方法

临床数据提取自一名60岁女性糖尿病患者病历，该患者于2025年10月接受胰腺脓肿清创术，并于2025年12月22日因持续腹腔积液和多处引流管入院。2026年1月15日复发热期间采集的引流液获得多菌培养。两株分离株——常规报告的肺炎克雷伯菌和鲍曼不动杆菌——进行了抗菌药物敏感性试验和混合全基因组测序。比较分析使用经元数据筛选的864株K. quasipneumoniae subsp. similipneumoniae基因组集和经相似性筛选的194株公开A. baumannii基因组便捷集（含YZ-10）。

结果

全基因组测序将常规鉴定的肺炎克雷伯菌分离株YZ-9重新分类为准肺炎克雷伯菌亚种similipneumoniae。未检测到获得性碳青霉烯酶基因，但存在染色体固有的blaOKP-B-1基因。值得注意的是，检测到OmpK36 p.Gln172Ter突变，而OmpK35保持完整。在非染色体contig的头尾重复区域内注释了三个不同的tet(A)位点。YZ-10被鉴定为鲍曼不动杆菌ST2型，携带两拷贝染色体blaOXA-23基因，均位于类似Tn2006的区域（4,805 bp）内，同时含有blaOXA-66、blaADC-73及其他耐药决定簇。

结论

全基因组测序阐明了常规克雷伯菌的误鉴定问题，并揭示了从术后胰腺脓肿中共同分离的两株碳青霉烯耐药病原体各自独特的耐药基因架构。